Logistyka stanowi niezwykle ważny aspekt handlu internetowego. Poza elementem „wirtualnym”, gdzie istotną rolę odgrywa wizualna i marketingowa strona biznesu, niekiedy fizyczny przepływ towarów oferowanych klientom może mieć kluczowe znaczenie dla zysków generowanych przez biznes e-commerce. Dlatego zarządzanie zapasami i sterowanie gospodarką magazynową jest zadaniem równie istotnym dla zachowania płynności finansowej, jak wirtualna strona handlu internetowego. W praktyce od strony operacyjnej i prawnej, kwestia ta może być rozwiązana poprzez zawarcie stosownej umowy dystrybucyjnej między producentem a sprzedawcą zarządzającym swoim biznesem internetowym. Wśród modeli dystrybucyjnych, które mogą stanowić korzystne rozwiązanie dla sklepu internetowego wymienić można coraz popularniejszy dropshipping oraz tzw. VMI (Vendor-managed inventory), które zasadniczo wiążą się z większym ryzkiem po stronie dostawcy (producenta lub hurtowni) – zdejmując część obowiązków z przedsiębiorcy prowadzącego sklep internetowy.