Stosowanie ryczałtu jest niedopuszczalne m.in. w przypadku podatników postawionych w stan upadłości lub likwidacji. Zgodnie ze stanowiskiem MF wyłączenia te działają nie tylko na etapie wyboru estońskiego CIT, ale również w trakcie jego stosowania.
Nowe przepisy objęły więcej kategorii podmiotów, podniosły wysokość kar administracyjnych, zwiększyły odpowiedzialność kierownictwa za cyberbezpieczeństwo oraz wprowadziły nowe wymogi co do oceny i wyznaczania tzw. dostawców wysokiego ryzyka.