Estoński CIT jest jedną z najszerzej komentowanych preferencji podatkowych dla spółek. Nie oznacza to jednak, że rozwiązanie to jest uniwersalne. Wybór estońskiego CIT może być w niektórych sytuacjach niemożliwy lub niekorzystny.
Podatnicy, którzy nie odliczyli w pełni ulgi na działalność badawczo-rozwojową, mogą skorzystać z uzupełniającej ją ulgi na innowacyjnych pracowników. Powstają jednak wątpliwości, na jakich zasadach mają prawo to zrobić.