Zakończenie stosowania estońskiego CIT nie oznacza prostego powrotu do poprzednich zasad rozliczeń. Szczególne zasady „przejściowe” wpływają bowiem m.in. na opodatkowanie wypłat zysków, obowiązki deklaracyjne czy rozliczanie amortyzacji.
W interpretacjach dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej pojawia się teza, że potwierdzenie transakcji w KSeF powinno zawierać kod QR. Obowiązek taki nie wynika jednak wprost z żadnego przepisu rangi ani ustawowej, ani wykonawczej.