Faktury są obecnie wystawiane i otrzymywane przy użyciu KSeF. Jest jednak kilka wyjątków, w których faktura ustrukturyzowana może być udostępniana nabywcy w sposób z nim uzgodniony, np. gdy nabywcą jest podmiot z zagranicy.
Wybór estońskiego CIT nie oznacza całkowitego wyłączenia klasycznych regulacji w podatku dochodowym. W praktyce podatnicy muszą funkcjonować w swoistym hybrydowym modelu, który łączy ryczałt z wybranymi przepisami „zwykłymi”.