Transakcje i restrukturyzacje często się przenikają, ale różnią się charakterem i celami. Związane z nimi ryzyka podatkowe da się minimalizować odpowiednią dokumentacją, postanowieniami umownymi, interpretacjami, opiniami czy polisą podatkową.
Zdarza się, że fiskus zwraca podatnikowi nadpłacony podatek, ale odmawia jego oprocentowania, nawet gdy to błąd urzędnika doprowadził do nienależnego obciążenia podatkowego. Sądy administracyjne coraz częściej sprzeciwiają się tej praktyce.