Organ może przyjrzeć się rozliczeniom podatnika, prowadząc czynności sprawdzające, kontrolę podatkową albo celno- -skarbową. Od rodzaju procedury i etapu sprawy zależy możliwość skorygowania deklaracji czy złożenia czynnego żalu.
Interpretacja indywidualna pozwala jeszcze przed podjęciem decyzji biznesowej zweryfikować jej skutki podatkowe i ograniczyć ryzyko zakwestionowania przyjętego sposobu rozliczeń. Problem w tym, że rozstrzyga ona o sytuacji opisanej przez wnioskodawcę.