Zgodnie z obecnie obowiązującymi przepisami podatnik posiadający kilka instrumentów wsparcia jest obowiązany do zwrotu maksymalnej dopuszczalnej pomocy publicznej, jaka wynika z uchylanej bądź cofanej decyzji administracyjnej (z zezwolenia SSE lub DoW). 1 stycznia 2026 r. wejdą w życie znowelizowane przepisy ustawy o CIT oraz ustawy o PIT, które regulują sankcje związane z cofnięciem zezwolenia SSE bądź uchyleniem DoW. Ustawa nowelizująca z 25 czerwca 2025 r. wprowadza alternatywny sposób zwrotu podatku w przypadku utraty instrumentu wsparcia (w wyniku złożenia stosownego wniosku przez przedsiębiorcę dostrzegającego niemożność wywiązania się z warunków określonych treścią instrumentu wsparcia bądź w związku z naruszeniem warunków określonych jego treścią lub treścią odrębnych przepisów, stwierdzonym w toku kontroli) przez podatników posiadających więcej niż jedną taką decyzję administracyjną.