Zauważyć jednak należy, że generowanie faktur w systemie KSeF będzie miało ogromny wpływ nie tylko na procesy zachodzące w przedsiębiorstwie. Proces ten zwiększy również zakres danych, jakimi będą dysponowały organy podatkowe.
Wystawianie faktur w ustrukturyzowanej formie za pośrednictwem jednolitego systemu spowoduje bowiem, że urzędy skarbowe będą miały wgląd w trybie rzeczywistym do informacji o zawarciu transakcji między określonymi podmiotami, jej wartości oraz przedmiocie. Tym samym organy zyskają niezwykle silne narzędzie do weryfikacji podatników, które przyczyni się do prowadzenia większej ilości kontroli o większej skuteczności.