W odróżnieniu od reszty podatników duzi przedsiębiorcy (niespełniający definicji małego podatnika) składający deklaracje kwartalne muszą uiszczać zaliczki na podatek, zgodnie z regułami opisanymi w art. 103 ust. 2a – 2g ustawy o VAT. Do wyboru są dwie metody ich wyliczenia.

Na podstawie poprzedniej deklaracji

Zgodnie z pierwszą zaliczki wpłaca się za pierwszy oraz za drugi miesiąc kwartału w wysokości 1/3 kwoty należnego zobowiązania podatkowego wynikającej z deklaracji podatkowej złożonej za poprzedni kwartał – w terminie do 25 dnia miesiąca następującego po każdym z kolejnych miesięcy, za które jest wpłacana zaliczka.

Kwotę należnego zobowiązania podatkowego przyjmuje się za zerową, jeżeli w wyniku rozliczenia za dany kwartał zobowiązanie takie nie wystąpi lub jeżeli z rozliczenia tego będzie wynikała kwota zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1.

Podatnik, u którego w poprzednim kwartale należne zobowiązanie podatkowe było zerowe w tym rozumieniu, co do zasady nie wpłaca zaliczek. Może jednak (ale nie musi) wpłacić zaliczkę w wysokości faktycznego rozliczenia za miesiąc, za który jest ona wpłacana (bez obowiązku zawiadamiania o tym urzędu skarbowego).

W faktycznej wysokości

Druga metoda opłacania zaliczek polega na tym, że podatnicy mogą je wpłacać w wysokości faktycznego rozliczenia za miesiąc, za który wpłacana jest zaliczka, pod warunkiem pisemnego zawiadomienia naczelnika urzędu skarbowego.

Zawiadomienie to musi nastąpić najpóźniej z chwilą wpłaty zaliczki za pierwszy miesiąc pierwszego kwartału, od którego zaliczki będą ustalane w wysokości faktycznej, jednak nie później niż z upływem terminu jej zapłaty.

Z tej metody obliczania zaliczek można zrezygnować, ale nie wcześniej niż po upływie dwóch kwartałów. Za rezygnację uznaje się wpłacenie zaliczki za pierwszy miesiąc kwartału w wysokości obliczonej zgodnie z regułą podstawową (1/3 zobowiązania za poprzedni kwartał).

Przy rozpoczęciu inne zasady

Podatnicy, którzy rozpoczynają kwartalne rozliczenia (wcześniej rozliczali się za okresy miesięczne), w pierwszym kwartale wpłacają zaliczki na VAT:

• za pierwszy miesiąc kwartału – w wysokości należnego zobowiązania podatkowego za pierwszy miesiąc ostatniego kwartału, w którym rozliczali się za okresy miesięczne,

• za drugi miesiąc kwartału – w wysokości należnego zobowiązania podatkowego za drugi miesiąc ostatniego kwartału, w którym rozliczali się za okresy miesięczne,

o ile w rozliczeniach za te miesiące faktycznie wystąpiło zobowiązanie podatkowe.

Mogą także wpłacać zaliczki w faktycznej wysokości (pod warunkiem pisemnego zawiadomienia przed upływem terminu wpłaty pierwszej zaliczki).

Gdy mały stanie się dużym

Opisane tu zasady wpłat zaliczek stosuje się odpowiednio do podatników:

• rozpoczynających w trakcie roku podatkowego wykonywanie czynności podlegających opodatkowaniu, jeżeli przewidywana przez nich wartość sprzedaży przekroczy, w proporcji do okresu prowadzonej działalności gospodarczej, kwotę limitu dla małego podatnika, z tym że w kwartale, w którym podatnik rozpoczął wykonywanie działalności gospodarczej, nie powstaje obowiązek wpłacania zaliczek;

• którzy w trakcie roku podatkowego przekroczą kwoty limitu dla małego podatnika (w przypadku podatników rozpoczynających działalność w trakcie roku – w proporcji do okresu prowadzenia działalności), z tym że wpłata zaliczek obowiązuje od kwartału następującego po kwartale, w którym nastąpiło to przekroczenie.

Skutki korekty

Może się zdarzyć, że firma, która wpłaciła zaliczki w wysokości 1/3 zobowiązania wynikającego ze złożonej deklaracji kwartalnej, już po tym terminie skoryguje kwartalną deklarację bazową, co spowoduje,że wynikające z niej zobowiązanie do wpłaty się zmieni.

Izba Skarbowa w Bydgoszczy w interpretacji z 5 lipca 2011 (ITPP1/443-552/11/MN)

uznała za prawidłowe stanowisko podatnika, który uważał, że w przypadku gdy korekta należnego zobowiązania podatkowego (zarówno zwiększająca, jak i zmniejszająca to zobowiązanie) zostanie złożona po ustawowym terminie wpłaty zaliczek, nie powstaje obowiązek ponownego przeliczenia/korekty zaliczek wpłacanych za pierwszy i drugi miesiąc kwartału.

Natomiast jeżeli korekta ta zostanie złożona przed ustawowym terminem płatności danej zaliczki, to ona będzie podstawą obliczenia wysokości należnej zaliczki na podatek za następny kwartał. Identyczne stanowisko wynika z interpretacji Izby Skarbowej w Warszawie z 1 lutego 2010 (IPPP1-443-1185/09-2/BS).