Problemy spółki zaczęły się, gdy fiskus zakwestionował rozliczenie VAT. Zarzucił, że spółka nie dokonała korekty podatku naliczonego od zakupionych towarów, które jego zdaniem stanowiły zawinione niedobory. Zawyżyła więc o ponad 250 tys. zł naliczony VAT.
Spółka tłumaczyła, że braki były wynikiem kradzieży towarów do dalszej odsprzedaży, jakich dopuścił się jeden z jej pracowników.
Fiskus pozostał głuchy na te argumenty. Zdaniem urzędników, braki powstały z powodu niezapewnienia skutecznego nadzoru nad pracownikami. Jak podkreślili, spółka nie podjęła żadnych działań nawet po wstępnym stwierdzeniu braków i nieprawidłowości. To przyczyniło się do powiększenia strat. Informacje o nieprawidłowościach i nierzetelnym zachowaniu jednego z pracowników były przez spółkę ignorowane na długo przed stwierdzeniem niedoborów.
Spółce nie pomogło zaskarżenie decyzji skarbówki. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku stwierdził, że gdy niedobory były zawinione przez podatnika, nie przysługuje mu prawo do odliczenia podatku naliczonego. A jeśli z tego prawa skorzystał, to musi dokonać korekty.
Tak samo sytuację spółki ocenił Naczelny Sąd Administracyjny (sygn. akt I FSK 1323/18). Sędzia Hieronim Sęk wskazał, że spółka nie reagowała na nieprawidłowości, które były sygnalizowane. Towar znikał w dziwnych okolicznościach, były podejrzenia, a reakcja pojawiła się po czasie. Przy takim prowadzeniu działalności, nawarstwianiu się problemu rozmijania się rzeczywistości magazynowej z dokumentacją, w ocenie NSA nie dołożono nawet podstawowej staranności.
