Mała firma powinna przede wszystkim zorientować się, jakie obroty osiąga albo przewiduje osiągać. Jeśli bowiem wartość sprzedaży towarów i usług u takiego przedsiębiorcy  nie przekroczy w ciągu roku podatkowego 150 tys. zł, to jest on zwolniony z podatku. Chodzi przy tym tylko o takie towary i usługi, które nie są przedmiotowo zwolnione z podatku. Nie można zastosować tego zwolnienia, jeśli sprowadza się z zagranicy towary opodatkowane. Jeśli w trakcie roku podatkowego przedsiębiorca rozpocznie sprzedaż opodatkowaną, to limit zwolnienia oblicza się proporcjonalnie do okresu prowadzenia sprzedaży w roku podatkowym.

Firma o małych obrotach, niebędąca podatnikiem, ma mniej obowiązków ewidencyjnych. Powinna jednak prowadzić prostą ewidencję sprzedaży. Jeśli tego nie robi, naraża się na oszacowanie obrotów przez urząd skarbowy i nałożenie VAT według podstawowej stawki na całą sprzedaż.

Taka firma nie ma podstawowego przywileju podatnika VAT, czyli odzyskiwania podatku naliczonego, wynikającego z faktur zakupu. Może jednak co do zasady traktować tę kwotę jako koszt uzyskania przychodu dla celów podatku dochodowego.

Rejestracja nie zawsze konieczna

Jeśli przedsiębiorca dojdzie do wniosku, że korzystanie z praw podatnika VAT jest dla niego opłacalne, może się zarejestrować dla celów VAT w lokalnym urzędzie skarbowym. Taka rejestracja jako podatnik VAT jest możliwa nawet wtedy, gdy obroty netto nie przekraczają w danym roku 150 tys. zł (według ustawy o VAT nazywa się to "rezygnacją ze zwolnienia"). Może wtedy, za zgodą naczelnika urzędu skarbowego, odzyskać podatek naliczony na nabyciu towarów sprzed utraty zwolnienia. Warunkiem jest przedstawienie spisu z natury zapasów towarów, które podatnik nabył i posiada w dniu utraty zwolnienia.

Do statusu podatnika zwolnionego ze względu na małe obroty można powrócić. Może się to stać jednak nie wcześniej, niż po upływie roku, licząc od końca roku, w którym podatnik utracił prawo do zwolnienia lub zrezygnował z tego zwolnienia.

Metoda kasowa

Status podatnika oznacza przede wszystkim obowiązek prowadzenia szczegółowej ewidencji, uwzględniającej m.in. te kwoty VAT od nabycia towarów i usług, które są związane z działalnością opodatkowaną i te, które takiego związku nie  mają. Trzeba też dokumentować swoją sprzedaż fakturami VAT, chyba że nabywcami są osoby fizyczne nieprowadzące działalności gospodarczej.

Dla tych, którzy zdecydują się zostać podatnikami, a są małymi przedsiębiorcami, przewidziano rożne udogodnienia. Według ustawy o VAT, "małymi podatnikami" są firmy, u których wartość sprzedaży brutto (tj. wraz z kwotą podatku) nie przekroczyła w poprzednim roku podatkowym równowartości 1,2 mln euro.

Dla takich podatników przewidziano tzw. kasową metodę rozliczeń. Chodzi w niej o to, by umożliwić rozliczanie się z fiskusem wtedy, gdy firma ma z czego zapłacić urzędowi skarbowemu, bo jej kontrahenci już się z nią rozliczyli. Mówiąc językiem ustawowym - u takich podatników obowiązek podatkowy powstaje z dniem uregulowania całości lub części należności, a nie w sztywnych terminach od daty dostawy towaru lub wykonania usługi. Jedyne ograniczenie to termin 90 dni - po tym czasie uznaje się, że powstał obowiązek podatkowy, a więc trzeba już daną fakturę, nawet niezapłaconą przez kontrahenta, włączyć do ewidencji sprzedaży za dany kwartał. Jednak powiązanie obowiązku podatkowego z zapłatą należności nie ma zastosowania w kilku przypadkach, m.in. gdy podatnik handluje z zagranicą (zarówno z państwami UE, jak też z resztą świata).

O stosowaniu metody kasowej należy zawiadomić pisemnie naczelnika urzędu skarbowego w terminie do końca miesiąca poprzedzającego okres, za który metoda ta będzie stosowana.

Podatnicy stosujący metodę kasową wystawiają faktury z oznaczeniem "FAKTURA VAT-MP". Różnią się one tym od tych wystawianych przez innych "VAT-owców", że powinny zawierać termin płatności określony w fakturze.

Deklaracje i rozliczenia kwartalne

Kolejne udogodnienie dla małych podatników to kwartalne deklaracje zamiast miesięcznych, przewidzianych jako zasadniczy obowiązek podatników VAT. Podatnicy, którzy wybrali metodę kasową, składają deklaracje VAT-7K za okresy kwartalne, w terminie do 25. dnia miesiąca następującego po każdym kolejnym kwartale. Zresztą prawo do deklaracji kwartalnych istnieje niezależnie od stosowania metody kasowej i statusu małego podatnika; należy tylko zawczasu zawiadomić o tym naczelnika urzędu skarbowego. Podobnie jak przy metodzie kasowej, to udogodnienie nie dotyczy m.in. podatników nabywających towary albo usługi z zagranicy. Udogodnienia dla małych podatników dotyczą nie tylko składania deklaracji, ale też zapłaty podatku do urzędu skarbowego. Powinni ono bowiem obliczać i wpłacać podatek za okresy kwartalne w terminie do 25. dnia miesiąca następującego po kwartale, w którym powstał obowiązek podatkowy.