Z preferencyjnego opodatkowania w formule estońskiego CIT (ryczałtu od dochodów spółek) mogą korzystać podatnicy, którzy spełniają wymogi określone w art. 28j ustawy o CIT. Oprócz warunków pozytywnych ustawodawca wskazał również katalog podmiotów wyłączonych ze stosowania tego modelu. Katalog ten został ujęty w art. 28k ustawy o CIT i obejmuje zarówno podmioty prowadzące działalność o szczególnym profilu (np. przedsiębiorstwa finansowe czy instytucje pożyczkowe), jak i podatników, u których w określonych okolicznościach ustawodawca uznał stosowanie ryczałtu za niedopuszczalne. Są to m.in. podmioty osiągające przychody zwolnione na podstawie regulacji dotyczących specjalnych stref ekonomicznych lub decyzji o wsparciu, a także podatnicy postawieni w stan upadłości lub likwidacji. Ustawa obejmuje również wyłączeniem podatników utworzonych w wyniku określonych przekształceń oraz tych, którzy uczestniczyli w czynnościach restrukturyzacyjnych. W tych dwóch ostatnich sytuacjach wyłączenie ma charakter czasowy i obejmuje rok powstania lub rok, w którym wystąpiła czynność restrukturyzacyjna, a także rok kolejny, przy czym okres ten nie może być krótszy niż 24 miesiące od powstania lub dokonania danej czynności.