Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację nr 144 posła Eugeniusza Kłopotka o opodatkowaniu VAT spółek wodnych i prośbę o jednolite w kraju stosowanie tych przepisów stwierdziło, że generalnej zasady sformułować się nie da. Opodatkowanie każdej takiej spółki trzeba zatem ustalać indywidualnie, analizując jej działalność.
Poseł podkreślił, że źródłem finansowania zadań statutowych spółek wodnych są składki członkowskie, dotacje z budżetu państwa, samorządu terytorialnego oraz inne świadczenia wnoszone przez członków lub ponoszone przez podmioty niebędące członkami, ale odnoszące korzyści ze sprawnych urządzeń melioracyjnych, co zapewniają spółki.