Jak wyjaśnia Ministerstwo Finansów, obecnie, w przypadku uchylenia decyzji o wsparciu lub cofnięcia zezwolenia, przedsiębiorca działający w PSI i SSE, który posiada więcej niż jedno zezwolenie lub decyzję o wsparciu, musi zwracać całą maksymalną pomoc publiczną, niezależnie od faktycznie uzyskanego zwolnienia podatkowego.
Nowe przepisy przewidują wprowadzenie alternatywnego w stosunku do już obowiązującego sposobu zwrotu podatku dla inwestorów, którzy działają w PSI i SSE, w przypadku cofnięcia zezwolenia lub uchylenia decyzji o udzielanym wsparciu. Po zmianie, przedsiębiorca będzie mógł zwrócić tylko podatek niezapłacony od dochodu, który uzyskał z działalności wskazanej w uchylonej decyzji lub cofniętym zezwoleniu.