Nieruchomości zajęte na cele oświatowe zwolnione są z podatku od nieruchomości. Z preferencji tej korzystać mogą szkoły, placówki, zakłady kształcenia i placówki doskonalenia nauczycieli (publiczne i niepubliczne) oraz organy prowadzące te szkoły, placówki i zakłady. Jak wynika jednak z art. 7 ust. 2 pkt 2 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, zwolnienie nie dotyczy nieruchomości zajętych na prowadzenie działalności gospodarczej innej niż oświatowa.
Aby ze zwolnienia skorzystać, konieczne jest posiadanie przez szkołę odpowiedniego tytułu prawnego do władania nieruchomością.
Przepis mówi bowiem, że zwolnienie przysługuje z tytułu zarządu, użytkowania lub użytkowania wieczystego nieruchomości szkolnych.
Ze zwolnienia nie mogą jednak korzystać szkoły niepubliczne, które znajdują się w budynkach będących własnością tego, kto je prowadzi. Podobnie będzie, gdy budynek jest przedmiotem umowy dzierżawy lub najmu zawartej z jednostką samorządu terytorialnego (np. gminą) albo Skarbem Państwa. Umowa taka wprawdzie przenosi obowiązek podatkowy na dzierżawcę lub najemcę, ale podatnik, wobec braku wspomnianego w przepisie tytułu prawnego, nie korzysta ze zwolnienia od podatku.
W praktyce oznacza to, że takie same obiekty, zajmowane na te same cele mogą być różnie opodatkowane. Ze zwolnienia korzystają szkoły publiczne, które zwykle dysponują nieruchomościami gmin na podstawie ustanowionego trwałego zarządu. Szkoły niepubliczne z preferencji tej skorzystają tylko wtedy, gdy ich budynki znajdują się na gruncie będącym przedmiotem umowy wieczystego użytkowania. Wtedy grunt od podatku jest zwolniony.
Od września 2004 r., po nowelizacji art. 83a ustawy o systemie oświaty, wiadomo już, że prowadzenie szkoły lub placówki oraz zespołu szkół nie jest działalnością gospodarczą. Prowadzenie zatem każdej (a więc i niepublicznej) szkoły nie jest działalnością gospodarczą. Do opodatkowania posiadanych przez szkoły nieruchomości (które nie korzystają z ustawowego zwolnienia od podatku) po 1 września 2004 r. nie powinny być stosowane stawki dla budynków i gruntów związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej. Do nieruchomości szkolnych, które są na taką działalność zajęte a nie korzystają ze zwolnienia, powinno stosować się stawki dla gruntów i budynków tzw. pozostałych.
Poprzednio (czyli do września 2004 r.) odpłatna działalność oświatowa traktowana była jako działalność gospodarcza. Skutkowało to tym, że prowadzący szkoły niepubliczne w wielu wypadkach, na potrzeby opodatkowania podatkiem od nieruchomości, byli traktowani jako przedsiębiorcy. Posiadane przez nich budynki, budowle i grunty traktowane były jako związane z prowadzeniem działalności gospodarczej. W konsekwencji dla opodatkowania nieruchomości szkolnych właściwe były najwyższe stawki podatku.
Mimo braku, w większości wypadków, prawa do zwolnienia z podatku od nieruchomości, szkoły niepubliczne mogą jednak liczyć na tę preferencję. Potrzebna do tego jest jednak odpowiednia uchwała właściwej rady gminy. Art. 7 ust. 3 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych mówi, że rada gminy może wprowadzać w podatku od nieruchomości inne zwolnienia niż określone w ust. 1 tego przepisu. Jest tylko jedno ograniczenie. Rada może wprowadzać wyłącznie zwolnienia przedmiotowe. Nie jest zatem możliwe zwolnienie konkretnych kategorii podatników. Rada gminy nie może np. zwolnić z podatku od nieruchomości podatników prowadzących placówki oświatowe, które z powodu braku odpowiedniego tytułu prawnego nie mogą korzystać ze zwolnienia z art. 7 ust. 2 pkt 2 ustawy.
Innym uprawnieniem rady gminy jest możliwość obniżenia stawki podatku od nieruchomości. Na podstawie art. 5 ust. 2 – 4 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych rada gminy może różnicować stawki podatku od nieruchomości. Ustawodawca wskazuje przy tym na pewne przykładowe kryteria, według których może działać. Są to: lokalizacja, rodzaj prowadzonej działalności, rodzaj zabudowy, przeznaczenie i sposób wykorzystywania gruntu, stan techniczny i wiek budynku. Kryteria te mają jednak charakter przykładowy, co oznacza, że rada gminy może różnicować stawki także opierając się na innych przesłankach.
Z przepisów ustawy o podatkach i opłatach lokalnych wynika, że rada nie może wprowadzić niższej stawki dla podatników, którymi są szkoły niepubliczne. Dopuszczalne jest jednak różnicowanie stawek dla określonych przedmiotów opodatkowania, z uwzględnieniem działalności, do której są one wykorzystywane.
W 2008 r. maksymalne stawki podatku od nieruchomości nie mogą przekroczyć:
1. od gruntów
- związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej – 0,71 zł od mkw. powierzchni,
- pozostałych – 0,35 zł od mkw. powierzchni,
2. od budynków lub ich części
- związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej – 19,01 zł od mkw. powierzchni użytkowej,
- pozostałych – 6,37 zł od mkw. powierzchni użytkowej.