Zgodnie z ustawą o ochronie przyrody obszary Natura 2000 to tereny specjalnej ochrony ptaków, siedlisk przyrodniczych lub utworzone w celu ochrony populacji dziko występujących ptaków lub siedlisk przyrodniczych, będących przedmiotem zainteresowania Wspólnoty Europejskiej. Obecnie w każdym województwie są gminy z takimi obszarami. Może się więc okazać, że wielu przedsiębiorców i przedstawicieli gmin zetknie się z tym problemem.
Generalnie przedsiębiorcy mają świadomość konieczności ograniczeń związanych z obszarami Natura 2000. Polegają one na zakazie działań, które mogłyby w szczególności:
- pogorszyć stan siedlisk przyrodniczych lub siedlisk gatunków roślin i zwierząt, dla których wyznaczono obszar Natura 2000,
- wpłynąć negatywnie na te gatunki,
- pogorszyć integralność obszaru Natura 2000 lub jego powiązania z innymi obszarami.
W związku z tym przy okazji realizacji wielu inwestycji przeprowadzana jest ocena oddziaływania ich na obszar Natura 2000. W jej ramach bada się, czy planowane przez inwestorów przedsięwzięcia, nawet zlokalizowane obok chronionego obszaru, nie będą wywierały negatywnego wpływu na ten obszar.
Jednocześnie ustawodawca zastrzega, że w przypadku, gdy przemawiają za tym konieczne wymogi nadrzędnego interesu publicznego – mogą one mieć charakter społeczny lub gospodarczy – odpowiadający za dany obszar regionalny dyrektor ochrony środowiska ma prawo zezwolić na realizację działań niekorzystnych dla obszaru Natura 2000. W takim przypadku konieczne jest dokonanie późniejszej kompensacji przyrodniczej.
Trzeba pamiętać również o tym, że jest grupa siedlisk i gatunków priorytetowych chronionych w jeszcze większym stopniu. Zezwolenie na działalność wywierającą na nie zły wpływ może być wydane tylko w celu ochrony zdrowia i życia ludzi, zapewnienia bezpieczeństwa powszechnego, uzyskania korzystnych następstw o pierwszorzędnym znaczeniu dla środowiska przyrodniczego lub na podstawie wymogów nadrzędnego interesu publicznego.
Jeżeli tego typu zezwoleń przedsiębiorca nie uzyska i wzniesie obiekt budowlany na obszarze Natura 2000 – poza odpowiedzialnością administracyjną – popełni przestępstwo zagrożone karą grzywny, ograniczenia, a nawet pozbawienia wolności. Dodatkowo zbudowany w taki sposób obiekt stanowi samowolę budowlaną.
Jeżeli przedsiębiorca chce dokładnie poznać ograniczenia na konkretnym obszarze Natura 2000 powinien przeanalizować specjalnie sporządzany plan zadań ochronnych na szczeblu właściwego regionalnego dyrektora ochrony środowiska. W planie są zarówno informacje o najważniejszych zagrożeniach dla przyrody na danym terenie, jak również ograniczeniach dla konkretnych właścicieli nieruchomości. Przedstawione ograniczenia mogą być później powtarzane w miejscowych planach zagospodarowania przestrzennego.
