Zgodnie z założeniami ustawy wdrożeniowej (patrz: podstawa prawna) negatywna ocena projektu oznacza brak przyznania dofinansowania z środków unijnych. Odmowa może wynikać z faktu niespełnienia przez projekt wymaganych kryteriów, jak też z uzyskania zbyt niskiej punktacji i wyczerpania kwoty w naborze na inne projekty. Od informacji o negatywnej ocenie projektu wnioskodawcy przysługuje prawo wniesienia protestu w celu ponownego sprawdzenia złożonego przez niego wniosku. W proteście należy wskazać kryteria wyboru, z których oceną wnioskodawca się nie zgadza oraz zarzuty proceduralne wraz z uzasadnieniem.