Fiskus kontroluje na bieżąco oraz za okresy wsteczne prawidłowość wpłacanych przez przedsiębiorców zaliczek na PIT z działalności gospodarczej. Kontrolą mogą być również objęci przedsiębiorcy w zakresie prawidłowego wypełniania przez nich obowiązków płatnika, m.in. w zakresie obliczania zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych z tytułu wypłacanych wynagrodzeń pracownikom i zleceniobiorcom. Niewykluczone, że fiskus sprawdzi też ulgi prorodzinne stosowane przez pracowników i samych przedsiębiorców oraz pozostałe preferencje powodujące obniżenie podstawy opodatkowania.