W podatkach lokalnych organy podatkowe podlegają jednak tylko teoretycznej kontroli SKO i sądów administracyjnych, gdyż w praktyce istniejące instrumenty prawne nie są w pełni skuteczne, co wynika także z niechęci podatników do zaostrzenia sporu wpływającego przecież czasami na obraz podatnika wśród lokalnej społeczności.
Niezależnie od tego, w praktyce często obserwujemy dążenie organów podatkowych do przerzucania ciężaru dowodu na podatnika, przy jednoczesnym ograniczeniu akceptowanego materiału dowodowego do dokumentów urzędowych lub księgowych.
Takie podejście jest zasadniczo sprzeczne z ordynacją podatkową. Podatnik ma oczywiście interes prawny w przedkładaniu wszelkich informacji mogących stanowić dowód w postępowaniu podatkowym, jednak postępowanie o stwierdzenie nadpłaty jest częścią postępowania wymiarowego, w którym organ podatkowy ma obowiązek kierować się zasadą prawdy materialnej, a zatem dążyć do wyjaśnienia całokształtu okoliczności sprawy, także tych niekorzystnych z punktu widzenia budżetu.
Charakter podatku od nieruchomości sprawia także, że w postepowaniu nadpłatowym niezwykle istotne są takie czynności dowodowe jak oględziny czy zeznania świadków.
Jest tak w szczególności w sytuacji, w której organ podatkowy kwestionuje oświadczenia składane przez podatnika w toku postępowania. Oświadczenie takie może być bowiem jedynym dowodem w sprawie, przykładowo w kwestii zajęcia gruntów na działalność gospodarczą w okresach przeszłych. Brak innych dowodów w tym zakresie nie jest podstawą do odrzucenia żądań podatnika, jeżeli organ nie jest w stanie przeprowadzić przeciwdowodu.