Dodatkowo zapłata należności za kupione produkty rolne, zawierająca kwotę zryczałtowanego zwrotu podatku, musi nastąpić na rachunek bankowy rolnika ryczałtowego nie później niż 14 dnia, licząc od dnia zakupu, z wyjątkiem sytuacji gdy rolnik zawarł umowę z nabywcą określającą dłuższy termin płatności.
Warunek trzeci, który rodzi najwięcej kontrowersji, wymaga natomiast, żeby w dokumencie stwierdzającym zapłatę należności za produkty rolne podano numer i datę wystawienia faktury potwierdzającej nabycie tych produktów albo na fakturze potwierdzającej zakup produktów rolnych podano dane identyfikacyjne dokumentu stwierdzającego dokonanie zapłaty.
Gdy faktura VAT RR zostanie opłacona w formie zaliczki, nie obowiązuje warunek trzeci, jednak zaliczka taka musi zostać przekazana na rachunek bankowy rolnika ryczałtowego, a na fakturze VAT RR dokumentującej tę transakcje obowiązkowo muszą znaleźć się dane identyfikujące dokument potwierdzający wpłatę.
Skutki braku daty
W praktyce gospodarczej dokumentowanie transakcji między podatnikami VAT czynnymi a rolnikami ryczałtowymi rodzi liczne spory i kontrowersje, które często znajdują swoje zakończenie w sądach.
Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 11 marca 2010 (I FSK 267/09)
uznał, że jeżeli „na dokumencie zapłaty rolnikowi ryczałtowemu należności z faktury VAT RR brak jest wskazania jedynie daty wystawienia tej faktury, a spełnione są wszystkie inne warunki określone w art. 116 ust. 6 (...), w tym podano numer takiej faktury pozwalający na jednoznaczne przyporządkowanie dokumentu zapłaty do konkretnej transakcji określonej w tej fakturze i zweryfikowanie terminowości dokonania tej zapłaty, pozbawienie nabywcy produktów rolnych prawa zwiększenia podatku naliczonego o zryczałtowany zwrot podatku, o którym mowa w art. 86 ust. 2 tej ustawy, w rozliczeniu za miesiąc, w którym dokonano zapłaty, narusza zasadę proporcjonalności wyrażoną w art. 31 ust. 3 w zw. z art. 2