Tematem przechowywania kopii faktur zainteresowani są głównie przedsiębiorcy wystawiający setki czy nawet tysiące faktur sprzedaży miesięcznie.
Organy podatkowe na ogół uznają za nieprawidłowe przechowywanie faktur w formie innej, niż zostały wystawione [b](zob. np. interpretacja Izby Skarbowej w Warszawie z 15 lipca 2009 r., IP-PP2-443-581/09-4/BM)[/b].
W ich ocenie niedopuszczalne jest przechowywanie kopii faktur wyłącznie w formie elektronicznej przy jednoczesnym wystawianiu oryginałów w postaci papierowej. Powołują się przy tym na § 21 ust. 1 i 2 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=43D6D79D4C40516B58FA33ECEBB1B99C?id=291169]rozporządzenia ministra finansów z 28 listopada 2008 r. regulującego zasady wystawiania faktur[/link]. Z treści tego przepisu wynika, że podatnicy obowiązani są do przechowywania oryginałów i kopii faktur oraz faktur korygujących, a także duplikatów tych dokumentów do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Ponadto dokumenty powinny być przechowywane w oryginalnej postaci w podziale na okresy rozliczeniowe i w sposób pozwalający na ich łatwe odszukanie. Te obowiązki dotyczą również faktur wystawianych i otrzymanych w formie elektronicznej, do których odnosi się rozporządzenie ministra finansów z 14 lipca 2005 r.
Organy podatkowe podkreślają, że przechowywanie dokumentów w formie elektronicznej jest możliwe wyłącznie w sytuacji, gdy od chwili wystawienia poprzez przesłanie aż do chwili przechowywania zachowują formę elektroniczną.