Ustawa o VAT wprowadza specyficzne zasady rozliczania usług świadczonych przez zagranicznych podatników, a więc nieposiadających siedziby w państwie, w którym VAT jest należny. Sprowadzają się one w praktyce do wskazania strony transakcji obowiązanej do rozliczenia VAT. Uwzględniając, że przedsiębiorca i jego oddział są jednym podatnikiem, zasady te mogą obejmować również usługi świadczone przez ten oddział.
Zgodnie z ogólną zasadą określoną w art. 193 dyrektywy Rady 2006/112/EC obowiązek zapłaty VAT spoczywa na podatniku dokonującym opodatkowanej dostawy towarów lub świadczenia usług. Jednak państwa członkowskie mogą postanowić, że osobą zobowiązaną do zapłaty należnego na ich terytorium VAT jest odbiorca towarów bądź usługobiorca. Jest jeden warunek: dostawca bądź usługodawca nie mają na terytorium tego kraju siedziby.
Jest to możliwe również w Polsce (art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o VAT). Trzeba jednak pamiętać o dwóch ważnych elementach. Po pierwsze, przepis mówi o braku w Polsce siedziby usługodawcy; będzie zatem właściwy również wtedy, gdy zagraniczny usługodawca ma w Polsce oddział, przez który świadczy usługę i/lub jest zarejestrowany w Polsce dla celów VAT. Po drugie, jest to przepis szczególny. Dlatego osobą zobowiązaną do zapłaty VAT od usług świadczonych przez zagranicznego usługodawcę jest zawsze usługobiorca.
Co prawda, na podstawie art. 17 ust. 2 ustawy o VAT, zagraniczny usługodawca może rozliczyć świadczone w Polsce usługi sam, zwalniając tym samym z tego obowiązku usługobiorcę (co w praktyce oznacza rejestrację w Polsce dla celów VAT i wystawienie faktury VAT). Trzeba jednak pamiętać, że takie rozliczenie jest dobrowolne. Co więcej, nie zawsze dopuszczalne. Usługodawca nie może rozliczyć tzw. usług niematerialnych, opodatkowanych w miejscu siedziby nabywcy, jak też usług, których miejsce świadczenia zależy od podanego przez usługobiorcę numeru VAT. Takie usługi są obowiązkowo rozliczane dla celów VAT przez usługobiorcę.
Na przykład oddział zagranicznego przedsiębiorcy świadczący w Polsce usługi związane z nieruchomościami (np. usługi budowlane) może dobrowolnie rozliczyć od nich VAT. Może też wystawić fakturę bez polskiego VAT, wtedy zobowiązanym do zapłaty jest polski usługobiorca. Natomiast oddział zagranicznego przedsiębiorcy świadczący w Polsce usługi prawnicze już VAT od tej usługi rozliczyć nie może. Przeciwnie, jest obowiązany do wystawienia faktury bez VAT, a obowiązek rozliczenia podatku spoczywa na polskim usługobiorcy.
Z takim rozwiązaniem nie zgodziły się organy podatkowe rozpatrujące wniosek podatnika o wydanie interpretacji w sprawie dotyczącej statusu oddziału przedsiębiorcy. Twierdziły, że polski oddział przedsiębiorcy zagranicznego, zarejestrowany w Polsce na potrzeby VAT, jest podatnikiem VAT mającym siedzibę na terytorium Polski. Dlatego przepisy dotyczące usług świadczonych przez podatników zagranicznych nie mają do niego zastosowania. Podatnik nie zgodził się ze stanowiskiem organów podatkowych. Wniósł skargę do WSA. Sąd przychylił się do jego argumentów. Stwierdził, że oddział stanowi wraz z zagranicznym przedsiębiorcą jednego podatnika VAT, którego siedziba w żaden sposób nie zależy od umiejscowienia w Polsce oddziału. W konsekwencji usługi informatyczne świadczone przez oddział podlegają obowiązkowemu rozliczeniu przez usługobiorcę.