Przepisy ustawy o VAT ani rozporządzenia wykonawcze do niej nie regulują problemu refakturowania. Jednak w praktyce przyjęło się, że wystawianie refaktur jest dopuszczalne. Refakturowanie stosowane jest głównie przy usługach, w sytuacji gdy podatnik otrzymuje fakturę na usługę, z której faktycznie nie korzysta on, tylko ktoś inny (albo korzysta jedynie częściowo, a częściowo ktoś inny).
Aby obciążyć tego kogoś kosztami wykonanej na jego rzecz usługi, podatnik wystawia na niego refakturę, wykazując na niej sprzedaż usługi (której faktycznie nie świadczy) wraz z należnym VAT. Kwoty na refakturze są z reguły takie jak na pierwotnej fakturze. Przyjęło się bowiem, że odsprzedaż musi odbywać się po cenie zakupu, bez marży narzuconej przez sprzedającego. Ponadto refakturujący stosuje taką samą stawkę VAT jak faktyczny usługodawca. Postępowanie czytelnika, który po prostu chce przepisać kwoty z pierwotnej faktury, odpowiada tym wymogom. Nie wynikają one jednak z przepisów i zostały wypracowane jeszcze przed 1 maja 2004 r., a więc pod rządami starej ustawy o VAT (w której też nic na temat kwestii refakturowania nie było).
Tymczasem unijna dyrektywa, do której miały być dostosowane aktualne przepisy o VAT (obecnie jest to dyrektywa 2006/112/WE), odnosi się do tego problemu w art. 28, stanowiąc, że gdy podatnik działający we własnym imieniu, ale na rzecz osoby trzeciej bierze udział w świadczeniu usług, przyjmuje się, że sam otrzymał i wyświadczył te usługi. Taka regulacja w zasadzie odpowiada temu, co w Polsce zostało przyjęte w praktyce, w jej świetle jest jednak obojętne, czy refakturujący dolicza marżę, czy nie.
