Według art. 140 op w razie niedotrzymania terminu organ podatkowy powinien się wytłumaczyć stronie. O każdym bowiem wypadku niezałatwienia sprawy we właściwym terminie obowiązany jest zawiadomić stronę, podając przyczyny niedotrzymania terminu i wskazując nowy termin załatwienia sprawy.
Ponieważ w art. 140 § 1 mowa jest o "właściwym" terminie, a nie tylko o terminach wyznaczonych w dniach, powinność poinformowania o przyczynach niedochowania terminu i wyznaczania nowego dotyczy także odwlekania sprawy, która powinna być załatwiona "niezwłocznie". Tak ordynacja nakazuje załatwiać sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę łącznie z żądaniem wszczęcia sprawy lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie (art. 139 § 2).
Dla podatnika czy płatnika żyjącego w stresie spowodowanym przeciągającą się sprawą niewielka z tego pociecha. Tyle że może się dowiedzieć, dlaczego sprawy nie załatwiono i kiedy może liczyć na finał. Organ podatkowy powinien bowiem wyznaczyć nowy termin w postanowieniu, które nie wymaga uzasadnienia, ale na takie postanowienie nie można złożyć formalnego zażalenia do organu II instancji. Przepisy nie wyłączają możliwości wielokrotnego przesuwania terminu zakończenia sprawy.
Obowiązek zawiadomienia o przyczynach przekroczenia terminu i obowiązek wyznaczenia nowego ciąży na organie podatkowym także wtedy, gdy do niedotrzymania terminu doszło bez jego winy. Dotyczyć on będzie także ministra finansów, jeśli nie zmieści się w trzymiesięcznym terminie na wydanie indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego.
Niewywiązanie się z tego rodzaju obowiązków przez urząd nie pozbawia go jednak prawa do rozpatrzenia sprawy i wydania decyzji.
Obowiązujący do 30 czerwca art.14b §3 op daje organowi podatkowemu na wydanie interpretacji prawa podatkowego w indywidualnej sprawie trzy miesiące, licząc od otrzymania wniosku. Niewydanie jej w tym terminie oznacza, że godzi się ze stanowiskiem przedstawionym przez podatnika we wniosku o jej wydanie. Jednakże w sprawach złożonych adresat wniosku może przedłużyć termin do czterech miesięcy. Musi zawiadomić o tym wnioskodawcę.
Od 1 lipca wydawanie wiążących interpretacji należeć będzie do kompetencji ministra finansów. Wnioski złożone do tej daty będą rozpatrywane na podstawie starych przepisów, a więc przez urzędy skarbowe. Odnosić się będą do nich także dotychczasowe terminy.
Natomiast minister ma wydawać indywidualne interpretacje "bez zbędnej zwłoki", jednak nie później niż w terminie trzech miesięcy od dnia otrzymania wniosku.
"Bez zbędnej zwłoki", jednak nie później niż w terminie siedmiu dni od złożenia wniosku, organy podatkowe obowiązane są wydawać zaświadczenia (art. 306a § 5 op). Wyjątek dotyczy zaświadczeń o rezydencji podatkowej, czyli miejscu zamieszkania lub siedzibie w Polsce dla celów podatkowych, wydawanych na podstawie art.306m. Także one muszą być wydane "bez zbędnej zwłoki", ale nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od złożenia wniosku.
Organy podatkowe podejmujące kontrolę muszą zmieścić się w ogólnych ramach czasowych, jakie dla wszelkich kontroli u przedsiębiorcy ustala ustawa o swobodzie działalności gospodarczej.
Nie ma żadnych terminów ani możliwości przyśpieszenia działań organu podatkowego (urzędu skarbowego), gdy chodzi o czynności sprawdzające (pisaliśmy o nich obszernie w DF z 14 czerwca, "Urząd ma pięć lat na sprawdzenie, czy zeznanie jest poprawne").
W ordynacji podatkowej nie ma też żadnych konkretnych terminów (prócz terminu na zawiadomienie o sposobie załatwienia zastrzeżeń do protokołu - art. 291), gdy chodzi o rozpoczynanie i czas trwania kontroli podatkowej.
Urząd skarbowy lub urząd kontroli skarbowej może podjąć kontrolę dopóty, dopóki zobowiązanie podatkowe się nie przedawni. Wolno mu w jej ramach przeprowadzać czynności przewidziane w ordynacji podatkowej przez taki czas, jaki jest konieczny do zrealizowania celu kontroli. O czasie kontroli decyduje organ, który ją wszczyna. Jest on wyznaczony w upoważnieniu do jej przeprowadzenia (art. 283 § 2 pkt 6). Upoważnienia tego zaskarżyć nie można.
Wmyśl art. 284b op kontrola powinna być zakończona bez zbędnej zwłoki, a najpóźniej w terminie wskazanym w upoważnieniu. O jej przedłużeniu kontrolujący obowiązany jest zawiadomić kontrolowanego, podając przyczyny niedotrzymania terminu i wskazując nowy termin jej zakończenia. Jeśli tego nie zrobi, nie może w postępowaniu podatkowym powoływać się na czynności kontrolne przeprowadzone po upływie terminu kontroli wyznaczonego w upoważnieniu. Nie są one bowiem dowodem (art.284 §3 op).
Jednak organy podatkowe podejmujące kontrolę podatkową muszą zmieścić się w ogólnych ramach czasowych, jakie dla wszelkich kontroli u przedsiębiorcy ustala ustawa z 12 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (DzU nr 173, poz. 1807 ze zm.). Przedsiębiorca będący według jej przepisów mikroprzesiębiorcą albo przedsiębiorcą małym lub średnim może być w ciągu roku kalendarzowego kontrolowany przez cztery tygodnie. W stosunku do pozostałych przedsiębiorców ten okres wynosi osiem tygodni. Nie można przy tym podejmować i prowadzić u przedsiębiorcy więcej niż jednej kontroli.
Od obu tych reguł są jednak liczne wyjątki. Tak więc np., co ważne, ostatnie ograniczenie nie dotyczy kontroli zasadności zwrotu VAT przed dokonaniem zwrotu, a oba ograniczenia -kontroli zwrotu VAT zapłaconego w cenie materiałów budowlanych.
Jeżeli wyniki kontroli wykazały rażące naruszenie przepisów prawa przez przedsiębiorcę, to ustawa o swobodzie działalności gospodarczej pozwala przeprowadzić powtórną kontrolę w tym samym zakresie w danym roku kalendarzowym. Czasu jej trwania nie wlicza się do limitu kontroli.
- Jeżeli początkiem terminu określonego w dniach jest pewne zdarzenie, to przy obliczaniu tego terminu nie uwzględnia się dnia, w którym zdarzenie nastąpiło. Upływ ostatniego z wyznaczonej liczby dni uważa się za koniec terminu.
- Terminy określone w tygodniach kończą się z upływem tego dnia w ostatnim tygodniu, który odpowiada początkowemu dniowi terminu.
- Terminy określone w miesiącach kończą się z upływem tego dnia w ostatnim miesiącu, który odpowiada początkowemu dniowi terminu, a gdy takiego dnia w ostatnim miesiącu nie było - w ostatnim dniu tego miesiąca.
- Terminy określone w latach kończą się z upływem tego dnia w ostatnim roku, który odpowiada początkowemu dniowi terminu, a gdy takiego dnia w ostatnim roku nie było - w ostatnim dniu, który poprzedzałby bezpośrednio ten dzień.
- Jeżeli ostatni dzień terminu przypada na sobotę lub dzień ustawowo wolny od pracy, za ostatni dzień terminu uważa się dzień następny po dniu lub dniach wolnych od pracy.
- Termin uważa się za zachowany, jeżeli przed jego upływem nadano pismo: w polskiej placówce pocztowe operatora publicznego lub w polskiej placówce konsularnej, złożono w polskim urzędzie konsularnym albo (w przyszłości) wysłano w formie elektronicznej, za poświadczeniem przedłożenia, do organu podatkowego lub do jednostki informatycznej obsługi administracji podatkowej.