Co do zasady, czynności kontrolne organów prowadzi się w siedzibie kontrolowanej firmy, a także w miejscu przechowywania dokumentacji (jeśli jest inne od siedziby) oraz w miejscach związanych z prowadzoną działalnością. Jeżeli księgi podatkowe przedsiębiorstwa są prowadzone lub przechowywane poza jego siedzibą, to pracownicy urzędu skarbowego mogą zażądać dostępu do nich w siedzibie – co do zasady w oddzielnym, wydzielonym pomieszczeniu. Kontrola może mieć ewentualnie miejsce w lokalu, w którym księgi podatkowe są przechowywane, jeżeli udostępnienie ich w siedzibie może w znacznym stopniu utrudnić prowadzenie bieżącej działalności gospodarczej (art. 285a § 1 ordynacji podatkowej; dalej: o.p.). Szczególnie uciążliwe dla niektórych przedsiębiorców może być to, że żądanie kontrolujących może dotyczyć także lokali mieszkalnych. Ordynacja podatkowa wskazuje też szczegółowo, że kontrolowana jednostka ma obowiązek zapewnić pracownikom organów skarbowych warunki do pracy, w tym, w miarę możliwości udostępnić samodzielne pomieszczenie i miejsce do przechowywania dokumentów (art. 287 § 3 o.p.).