Polskie Pracownie Konserwacji Zabytków są jednoosobową spółką Skarbu Państwa. Powstały w wyniku przekształcenia Przedsiębiorstwa Państwowego Pracownie Konserwacji Zabytków.
Spółka miała w użytkowaniu wieczystym budynek na Wyspie Spichrzów w Gdańsku, przy ul. Chmielnej. Od 2000 r. miasto chciało nabyć tę nieruchomość, żeby utworzyć tu Muzeum Miejskie i centrum konferencyjne. Muzeum miało być symbolem miasta. W zamian za to władze Gdańska chciały przekazać spółce inną działkę.
W lipcu 2008 r. Minister Skarbu Państwa pozwolił spółce na tę zamianę, doszło do niej w styczniu 2009 r. Na skutek zamiany Polskie Pracownie Konserwacji Zabytków dostały od władz Gdańska 200 tys. zł dopłaty za działkę przy ul. Chmielnej.
Izba Skarbowa w Warszawie uznała, że spółka będzie musiała zapłacić podatek dochodowy, bo 200 tys. zł dopłaty, które dostała od miasta, jest jej dochodem. Polskie Pracownie Konserwacji Zabytków zaskarżyły tę decyzję do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, twierdząc, że zamiana budynków w Gdańsku miała związek z celem publicznym (miało tam powstać muzeum), a nie z działalnością gospodarczą spółki. Dlatego nie można twierdzić, że spółka uzyskała dochód.
Warszawski sąd oddalił jednak skargę spółki. Uznał, że zamianę nieruchomości pomiędzy spółką a miastem należy traktować jak dwie odrębne od siebie umowy sprzedaży nieruchomości i w związku z tym spółka uzyskała dochód, od którego musi zapłacić podatek.
