Obecnie prawo do takiego odliczenia przyznają podatnikom sądy administracyjne wbrew literalnemu brzmieniu przepisów ustawy o VAT. Po nowelizacji sporny przepis, wykluczający odliczenie, zniknie z jej treści.
Chodzi o art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a) ustawy o VAT. Z dotychczasowej jego treści wynikało, że nie były podstawą do odliczenia podatku naliczonego faktury (faktury korygujące), które zostały wystawione przez podmiot nieistniejący lub nieuprawniony do wystawiania faktur lub faktur korygujących.
Na tle tej regulacji przez wiele lat toczyły się spory: czy faktury wystawione przez niezarejestrowanego przedsiębiorcę mogą być podstawą do odliczenia podatku na nich widniejącego, czy nie.
Z jednej strony wskazywano, że jeśli „okoliczności transakcji budzą wątpliwości i w konsekwencji kontrahent okaże się niezarejestrowanym podatnikiem VAT, podatnik ponosi negatywne konsekwencje braku staranności.
Wykluczone jest bowiem wówczas skorzystanie z prawa do obniżenia VAT należnego o naliczony wynikający z faktur dokumentujących takie transakcje” (wyrok WSA w Gdańsku z 4 marca 2008, I SA/Gd 802/07).
