Tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku w wyroku z 5 marca 2008 r. (I SA/Bk 19/08).
Urząd skarbowy ustalił spółce dodatkowe zobowiązanie podatkowe. Stwierdził, że nieprawidłowo rozliczyła VAT z transakcji wewnątrzwspólnotowego nabycia i dostawy towarów, i ujęła w deklaracji inne wartości niż faktycznie wynikające z faktur.
Wystawiła faktury wewnętrzne z wykazanymi kwotami podatku należnego. Miały one potwierdzać wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów. Podatek należny ujęła do rozliczenia. Z protokołu kontroli wynikało jednak, że transakcje te w rzeczywistości nie nastąpiły.
Organ odwoławczy uchylił zaskarżoną decyzję w części dotyczącej ustalenia dodatkowego zobowiązania i w tym zakresie umorzył postępowanie. W pozostałej części utrzymał w mocy rozstrzygniecie urzędu skarbowego. Stwierdził, że jeśli nabycia wewnątrzwspólnotowe w rzeczywistości nie miały miejsca, a spółka wystawiła faktury z wykazanym podatkiem należnym, to podatek ten – na mocy art. 108 ust. 1 ustawy o VAT – podlegał wpłacie do urzędu skarbowego. Jednocześnie, zgodnie z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy, nie stanowił dla niej podatku naliczonego.
Spółka przygotowała skargę do WSA. Twierdziła, że nie można żądać od niej zapłaty podatku na podstawie faktury wewnętrznej.
