Tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku w wyroku z 5 marca 2008 r. (I SA/Bk 19/08).
Urząd skarbowy ustalił spółce dodatkowe zobowiązanie podatkowe. Stwierdził, że nieprawidłowo rozliczyła VAT z transakcji wewnątrzwspólnotowego nabycia i dostawy towarów, i ujęła w deklaracji inne wartości niż faktycznie wynikające z faktur.
Wystawiła faktury wewnętrzne z wykazanymi kwotami podatku należnego. Miały one potwierdzać wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów. Podatek należny ujęła do rozliczenia. Z protokołu kontroli wynikało jednak, że transakcje te w rzeczywistości nie nastąpiły.
Organ odwoławczy uchylił zaskarżoną decyzję w części dotyczącej ustalenia dodatkowego zobowiązania i w tym zakresie umorzył postępowanie. W pozostałej części utrzymał w mocy rozstrzygniecie urzędu skarbowego. Stwierdził, że jeśli nabycia wewnątrzwspólnotowe w rzeczywistości nie miały miejsca, a spółka wystawiła faktury z wykazanym podatkiem należnym, to podatek ten – na mocy art. 108 ust. 1 ustawy o VAT – podlegał wpłacie do urzędu skarbowego. Jednocześnie, zgodnie z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy, nie stanowił dla niej podatku naliczonego.
Spółka przygotowała skargę do WSA. Twierdziła, że nie można żądać od niej zapłaty podatku na podstawie faktury wewnętrznej.
Sąd oddalił jednak skargę. Przyjął, że mimo iż czynności nie miały miejsca a wystawiona faktura była fakturą wewnętrzną, to podatnik był zobowiązany do zapłaty podatku na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Co więcej podatek ten nie stanowił podatku naliczonego, bo faktury stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane. Zdaniem sądu faktury wewnętrzne mają taką samą moc jak inne. Nie zgodził się więc z argumentem spółki, że nie mogą stanowić podstawy do zapłaty podatku. Potwierdza to również art. 21 VI dyrektywy. Mówi on, że do zapłaty podatku od wartości dodanej zobowiązane są osoby, które wykazują podatek od tej wartości na fakturze. A tak właśnie było w tej sprawie.
