Przypomnijmy, że w kontrowersyjnej urzędowej interpretacji z 30 sierpnia 2006 r. (DD6-82138/06/DZ/412) minister finansów uznał, iż pomoc, jaką otrzymują beneficjenci realizujący projekty współfinansowane z funduszy strukturalnych, pochodzi ze "środków pożyczonych z budżetu państwa na prefinansowanie realizowanych programów i projektów pomocowych". Stąd pomoc ta nie korzysta ze zwolnień z podatku dochodowego przewidzianych dla środków bezzwrotnej pomocy UE. Również w części finansowanej z budżetu państwa otrzymane środki nie są wolne od podatku, ponieważ nie są dotacją w rozumieniu ustawy z 30 czerwca2005 r. o finansach publicznych (DzU nr 249, poz. 2104 ze zm., w ówczesnym brzmieniu).
Choć stanowisko MF poddawano krytyce jako restrykcyjne i oderwane od intencji ustawodawcy, praktyka administracji skarbowej poszła jego śladem.
Istotną zmianę wprowadziła nowelizacja ustawy o finansach publicznych. Jej art. 106 ust. 2 pkt 3a (obowiązujący od 29 grudnia 2006 r.) do dotacji zalicza wydatki budżetu państwa przeznaczone na"realizację programów finansowanych z udziałem środków, o których mowa w art. 5 ust. 3 pkt 2 (tj. środków pochodzących z funduszy strukturalnych, Funduszu Spójności i Europejskiego Funduszu Rybołówstwa), lub projektów realizowanych w ramach tych programów".
W ten sposób kwalifikowane będą jednak jedynie środki pomocowe otrzymywane na podstawie ustawy z 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (DzUnr 227, poz. 1658), a zatem w ramach nowej perspektywy finansowej 2007 - 2013.
Oznacza to, że pod rządami znowelizowanej ustawy środki pomocowe z "nowego rozdania" będą traktowane jako dotacje z budżetu państwa. W konsekwencji będą one dla beneficjentów wolne od podatku.