W praktyce coraz częściej się zdarza, że przedsiębiorca działający w grupie kapitałowej składa wniosek o uprzednie porozumienie cenowe (APA), aby zabezpieczyć przyszłe rozliczenia cen transferowych. Do czasu zakończenia procedury podatnik stosuje przyjętą metodologię cenową, rozlicza CIT na bieżąco, ponosi koszty postępowania i funkcjonuje w warunkach niepewności co do ostatecznej akceptacji modelu przez administrację.
Ustawa przewiduje zakończenie postępowania APA w terminie 6, 12 albo 18 miesięcy, w zależności od jego rodzaju. W praktyce terminy te często ulegają znacznemu wydłużeniu, przy czym przyczyny mogą zarówno mieć charakter obiektywny (złożoność modelu, elementy transgraniczne), jak i leżeć po stronie organu. Z perspektywy biznesowej powstaje więc pytanie, czy przedłużające się postępowanie APA może powodować po stronie państwa jakiekolwiek konsekwencje finansowe.