Zgodnie z art. 19 ust. 13 pkt 2 lit. a) [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=172827]ustawy o VAT[/link] usługi transportowe są objęte szczególnym obowiązkiem podatkowym.
W myśl tego przepisu w przypadku świadczenia usług transportu towarów kolejami, taborem samochodowym, statkami pełnomorskimi, środkami transportu żeglugi śródlądowej i przybrzeżnej, promami, samolotami i śmigłowcami obowiązek podatkowy powstaje z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty, nie później jednak niż 30. dnia, licząc od dnia wykonania usług.
Zatem w przypadku, gdy podatnik nie otrzymał żadnej płatności w ciągu 30 dni od dnia wykonania usługi (a także przed jej wykonaniem), obowiązek podatkowy powstanie u niego 30. dnia od chwili wykonania usługi. Późniejsze otrzymanie zapłaty, a także jej brak, nie ma już żadnego wpływu na powstały obowiązek podatkowy. Rozliczenie podatku spoczywa wyłącznie na usługodawcy, czyli firmie transportowej.
Nowe regulacje ustawy o VAT obowiązujące od 1 stycznia 2010 r. zasadniczo zmieniły sposób rozliczania usług transportu towarów świadczonych dla zagranicznych kontrahentów i zakupu tego typu usług z zagranicy.
W przypadku sprzedaży usługi transportu towarowego przez polskiego podatnika na rzecz podatnika podatku od wartości dodanej mającego siedzibę lub stałe miejsce prowadzenia działalności poza granicami Polski transakcja taka znajdzie się poza polskim systemem VAT – obowiązek podatkowy w Polsce po stronie polskiego podatnika w ogóle nie powstanie.