Dofinansowane zostaną m.in. projekty badawcze, celowe, związane z podjęciem lub rozwojem działalności badawczo-rozwojowej (B+R), wdrażające wyniki takich prac lub związane z wykorzystaniem tych wyników w formie innowacji technologicznej w nowej inwestycji. Do tej pory, czyli w latach 2004 – 2006, przedsiębiorcy nie mogli bezpośrednio ubiegać się o wsparcie na prowadzenie prac B+R. Mogli jedynie wchodzić w skład konsorcjum naukowego, w ramach którego jednostka naukowa otrzymywała refundację poniesionych wydatków.
Dla przedsiębiorców realizujących prace B+R najważniejszym źródłem wsparcia w latach 2007 – 2013 będzie Program Operacyjny „Innowacyjna gospodarka” (PO IG). Uzupełnieniem tych działań będą regionalne programy operacyjne (RPO) oraz Inicjatywa Technologiczna (IniTech) będąca przedsięwzięciem Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego, finansowana tylko z budżetu państwa. Ze względu na tak szeroki wybór ze szczególną ostrożnością należy dobrać program, gdyż każdy będzie wspierał działalność B+R przedsiębiorcy w inny sposób. Różnice dotyczą głównie typów projektów, poziomu wsparcia, kryteriów oceny czy też kosztów kwalifikowanych. W wypadku prowadzenia prac B+R katalog kosztów obejmuje przede wszystkim wynagrodzenia osób realizujących projekt, amortyzację środków trwałych, wartości niematerialnych i prawnych, nieruchomości wykorzystywanych w ramach projektu oraz wydatki związane z promocją lub ochroną patentową. Natomiast przy projektach związanych z rozwojem działalności B+R lub wdrożeniem innowacji technologicznej przedsiębiorca może brać pod uwagę przede wszystkim bezpośrednie wydatki inwestycyjne.
Jednym z ciekawszych rozwiązań będzie możliwość zdobycia dwóch dotacji po przygotowaniu jednego wniosku dla działań 1.4 „Wsparcie projektów celowych” oraz 4.1 „Wsparcie wdrożeń wyników prac B+R”. W pierwszym etapie przedsiębiorca będzie miał możliwość dofinansowania badań, które powinny zakończyć się np. powstaniem prototypu nowej maszyny lub produktu wraz z uzyskaniem certyfikacji lub ochrony patentowej. W drugim etapie zrefundowane zostaną koszty wdrożenia nowego rozwiązania do produkcji. O realizacji drugiego etapu zdecyduje przede wszystkim pozytywny wynik części badawczej, badania rynkowe oraz uzasadnienie ekonomiczne projektu. Znaczącym ułatwieniem będzie przechodzenie przez procedurę konkursową tylko raz. W razie akceptacji projektu instytucja wdrażająca podpisze umowę na obie części projektu z warunkiem wypełnienia zobowiązań wymaganych po pierwszym etapie, jeszcze przed wdrożeniem wyników badań. Jeżeli po zakończeniu i rozliczeniu badań warunki ekonomiczne wskazują, że osiągniemy zakładane cele, otrzymamy wsparcie na wdrożenie wyników części badawczej. Realizowane projekty powinny obejmować badania przemysłowe oraz eksperymentalne prace rozwojowe. Projekty mogą być realizowane przez samych przedsiębiorców, grupy przedsiębiorców, we współpracy z jednostkami naukowymi lub mogą być całkowicie zlecone jednostkom naukowym. Kluczowe kryteria oceny to m.in.: innowacyjność, zapotrzebowanie rynkowe na nową technologię, potencjał wnioskodawcy (tj. infrastruktura badawcza, zasoby ludzkie etc.). Łączny budżet działań 1.4 oraz 4.1 PO IG wyniesie niemal 600 mln euro.
W działaniu 4.1 możliwe również będzie wdrożenie wyników badań prowadzonych w ramach Inicjatywy Technologicznej. Program IniTech, w odróżnieniu od środków PO IG, jest dostępny już w bieżącym roku, gdyż jego budżet tworzą fundusze krajowe. Małe i średnie firmy (MSP) mogą realizować projekty badawcze (podstawowe, przemysłowe i przedkonkurencyjne) oraz celowe (przemysłowe i przedkonkurencyjne). Duże firmy tylko projekty celowe. Wielkość dotacji zależy zatem od rodzaju podejmowanych badań oraz od wielkości przedsiębiorstwa. Projekt może również obejmować działania związane z przygotowaniem do wdrożenia wyników prac B+R pod warunkiem, że w rezultacie realizacji części badawczej uzyskano efekty o wysokim stopniu innowacyjności oraz uzasadnione ekonomicznie. Tak jak w wypadku działań 1.4 i 4.1 PO IG przedsiębiorca nie ma obowiązku realizacji obydwu faz projektu (badawczej i wdrożeniowej), jeżeli po zrealizowaniu części badawczej zmienią się warunki rynkowe lub same badania nie zakończą się sukcesem. Roczny budżet IniTech w 2007 roku to ok. 300 mln zł.
Ponieważ bardzo niewielu przedsiębiorców z sektora MSP zdecydowało się na uzyskanie ochrony praw własności przemysłowej, zwłaszcza ochrony międzynarodowej, dostępne będzie wsparcie w ramach działania 5.4 PO IG „Zarządzanie własnością intelektualną”. Barierą w stosowaniu ochrony prawnej rozwiązań innowacyjnych jest m.in. brak informacji na temat korzyści z niej wynikających dla przedsiębiorców oraz stosunkowo wysokie koszty postępowań związanych z uzyskaniem praw własności przemysłowej. Podstawową korzyścią posiadania ochrony prawnej jest zwiększenie opłacalności działalności B+R, gdyż nowe rozwiązania mogą być udostępniane odpłatnie. W działaniu 5.4 będzie można uzyskać wsparcie na pokrycie kosztów uzyskania praw własności przemysłowej poza granicami Polski oraz na pokrycie kosztów związanych z postępowaniem w zakresie unieważnienia patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy lub prawa z rejestracji (z wyłączeniem znaków towarowych). Refundacją zostaną objęte m.in. koszty przygotowania zgłoszenia przez rzecznika patentowego, opłaty urzędowe za dokonanie zgłoszenia oraz wydatki związane z tłumaczeniem niezbędnej dokumentacji zgłoszeniowej. Budżet działania zaplanowano na ok. 39 mln euro.