Z takim pytaniem do dyrektora KIS zwróciła się gmina. We wniosku wskazała, że jest organem założycielskim samodzielnego zakładu opieki zdrowotnej (SPZOZ), który utworzyła w ramach realizacji zadań własnych w zakresie ochrony zdrowia. Temu podmiotowi gmina udzieliła pożyczki na sfinansowanie określonych zobowiązań względem Narodowego Funduszu Zdrowia oraz innych zobowiązań niezbędnych do zapewnienia prawidłowego funkcjonowania zakładu. Udzielenie pożyczki zostało poprzedzone uchwałą rady miasta. Z tytułu udzielenia pożyczki SPZOZ zobowiązał się zapłacić gminie jednorazowo opłatę manipulacyjną w wysokości 2 proc. nominalnej wartości pożyczki. Ustalono także, że w przypadku nieterminowej spłaty którejkolwiek z rat pożyczki będą naliczane odsetki za opóźnienie. Gmina zapytała, czy udzielając pożyczki na ww. cele, działa w charakterze podatnika podatku VAT, a jeśli tak, to czy opłata manipulacyjna oraz odsetki za opóźnienie w spłacie będą stanowiły podstawę opodatkowania, o której mowa w art. 29a ustawy o VAT. Gmina była zdania, że udzielając pożyczki, nie działa w charakterze podatnika podatku VAT, a w związku z tym opłata manipulacyjna i odsetki pobierane od zakładu nie będą podlegały opodatkowaniu tym podatkiem.