W listopadzie 2024 r., nadzorowany przez Ministerstwo Klimatu i Środowiska Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej oficjalnie ogłosił zawieszenie procedury przyjmowania nowych wniosków w ramach programu „Czyste powietrze” (dalej: Program). Wraz z zawieszeniem Programu wstrzymano również wypłaty kwot dofinansowania i to zarówno tych mających postać zaliczki, jak i tych, stanowiących refundację poniesionych już przez wykonawców na rzecz beneficjentów Programu kosztów. Zgodnie z wyjaśnieniami Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej, wstrzymanie Programu miało przede wszystkim na celu uproszczenie procedur i uszczelnienie systemu. Nad „nową wersją” Programu pracowano przez kilka miesięcy i z końcem marca 2025 r. Program został wznowiony.