W świetle dotychczasowej praktyki interpretacyjnej dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej jednym z najbardziej kontrowersyjnych obszarów dotyczących opodatkowania fundacji rodzinnych pozostaje kwestia inwestycji dokonywanych przez te fundacje w zagraniczne spółki transparentne podatkowo (a więc spółki niebędące podatnikiem podatku dochodowego; dochód takich spółek jest zwyczajowo opodatkowany na poziomie jej wspólników). Organy podatkowe konsekwentnie prezentują stanowisko, zgodnie z którym tego rodzaju inwestycje mogą zostać zakwalifikowane jako działalność gospodarcza wykraczająca poza dozwolony przez ustawę zakres. W rezultacie fundacja angażująca się w tego typu przedsięwzięcia może zostać obciążona sankcyjnym opodatkowaniem.