System kaucyjny to zagadnienie szeroko komentowane w środowisku biznesowym, które wiąże się z istotnymi operacyjnymi i prawnymi wyzwaniami. Wprowadzenie go będzie mieć również istotny wpływ na kwestie podatkowe, w szczególności VAT.
Istotnym aspektem są również ceny transferowe. System kaucyjny, jako złożona struktura operacyjno-finansowa, funkcjonująca na przecięciu prawa środowiskowego, gospodarczego i podatkowego, będzie w naturalny sposób generował istotne transakcje pomiędzy podmiotami powiązanymi. Dlatego warto odpowiednio wcześnie zaplanować model działania oraz sposób realizacji transakcji w jego ramach, zamiast reagować na wynikające z niego obowiązki po fakcie.