Po wprowadzeniu przepisów dotyczących ryczałtu od dochodów spółek (estoński CIT) Ministerstwo Finansów zachęcało do korzystania z tej formy opodatkowania, wskazując, że podatnik zyskuje kontrolę nad wysokością i terminem opodatkowania, a przede wszystkim otrzymuje „maksymalnie uproszczony sposób rozliczenia podatku, który zdejmuje obowiązki związane z prowadzeniem rachunkowości podatkowej”. Rzeczywistość okazała się jednak odmienna, a podatnicy powinni bardzo szczegółowo analizować swoje wydatki pod kątem uznania ich za tzw. ukryte zyski lub wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą. Co więcej, analiza ta powinna być dokonywana na bieżąco, ponieważ podstawę opodatkowania w tym przypadku ustala się w miesiącu wykonania świadczenia lub dokonania wydatku, a podatek należy rozliczyć i wpłacić nie po zakończeniu roku podatkowego, ale już do 20. dnia kolejnego miesiąca. Jak więc widać, w przypadku estońskiego CIT problemy dotyczące ujmowania wydatków w kosztach podatkowych zostały zastąpione innymi.