20 sierpnia 2024 r. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z sprawy o sygn. akt II FSK 595/24 jednoznacznie stwierdził, że ulga na prace badawczo-rozwojowe stanowi pomoc publiczną w rozumieniu art. 107 i 108 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (DzU 2004.90.864/2).

Co istotne, to przełomowe stanowisko pojawiło się w orzeczeniu, które zapadło na tle sporu dotyczącego interpretacji pojęć „twórczości” oraz „innowacyjności” w prowadzonych przez podatnika pracach badawczo-rozwojowych. Innymi słowy, sąd przedstawił tę opinię nie w kontekście rozstrzygania kwestii, czy analizowana ulga jest pomocą publiczną, lecz raczej mimochodem. Można odnieść wrażenie, że Naczelnemu Sądowi Administracyjnemu umknęła waga tak sformułowanego stanowiska. Gdyby bowiem faktycznie uznać ulgę B+R za pomoc publiczną, należałoby jeszcze ocenić, czy mieści się ona w kategoriach pomocy zgodnej z rynkiem wewnętrznym (na gruncie m.in. rozporządzenia Komisji (UE) nr 651/2014 z 17 czerwca 2014 r.). Jeśli nie, to powstaje pytanie, czy jej udzielenie wymagało notyfikacji na podstawie rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589 z 13 lipca 2015 r. W kolejnych krokach trzeba by ustalić, czy brak notyfikacji oznacza, że ulga jest niedozwoloną pomocą publiczną, a podatnicy korzystający z niej mają obowiązek uiszczenia zaległego podatku wraz z odsetkami.

Taki scenariusz nie jest czysto hipotetyczny. Analogie można odnaleźć w przypadku zwolnienia z podatku od nieruchomości gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej, obowiązującego od 2017 r. (art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l.) do końca 2021 r. Organy podatkowe przez długi czas nie kwestionowały prawa do zastosowania tego zwolnienia. Zmiana stanowiska nastąpiła dopiero po niemal czterech latach od jego wprowadzenia, gdy uznano, że wymagało ono notyfikacji jako forma pomocy publicznej. Ostatecznie sprawa trafiła przed Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej (postanowienie NSA z 19 kwietnia 2023 r., III FSK 3/22), który zdecydował o jej rozpoznaniu w składzie wielkiej izby. W korzystnej dla podatników opinii rzecznik generalna TSUE Juliane Kokott stwierdziła, że „zwolnienie podatkowe nie stanowi (…) selektywnej korzyści w rozumieniu prawa pomocy państwa” (opinia rzecznik generalnej TSUE z 17 października 2024 r., C-453/23).

Ryzyka

W odniesieniu do ulgi B+R stanowisko NSA otwiera szerokie pole do działania dla organów podatkowych, znacząco zwiększając ryzyko korzystania z tej preferencji. Wątłe oparcie stanowi uwaga sądu, że definicje działalności badawczo-rozwojowej z art. 4a pkt 26-28 u.p.d.o.p. w związku z art. 4 ust. 2 i 3 p.s.w.n. odpowiadają zapisom rozporządzenia KE 651/2014. Nie jest to jednak oczywiste. Złożone definicje „badań naukowych” i „prac rozwojowych” w ustawie – Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce z 2018 r. oraz autonomiczne definicje „działalności badawczo-rozwojowej” w u.p.d.o.p. różnią się bowiem od opisów z rozporządzenia KE 651/2014. Możemy mieć do czynienia jedynie z częściowym pokrywaniem się zakresów, a nie pełną tożsamością definicji.

NSA zwraca uwagę, że objęcie ulgą B+R innych niż wymienione w rozporządzeniu prac będzie skutkowało udzieleniem niedozwolonej pomocy publicznej lub wymagało notyfikacji. Taki stan rzeczy stawia podatników w trudnej sytuacji, ponieważ ulgi B+R nie notyfikowano Komisji Europejskiej zgodnie z rozporządzeniem Rady (UE) 2015/1589. W efekcie organy podatkowe mogą sięgnąć bezpośrednio po art. 107 i 108 TFUE oraz klauzulę zawieszającą (art. 3 rozporządzenia 2015/1589), co do czasu uzyskania pozytywnej oceny KE uniemożliwiłoby korzystanie ze zwolnienia.

Konsekwencje

Ugruntowanie linii orzeczniczej prezentowanej przez NSA oznaczałoby także, że podatnicy musieliby składać wnioski o przyznanie ulgi B+R jeszcze przed rozpoczęciem prac nad projektem lub działalnością. Chodzi o wymóg wykazania tzw. efektu zachęty, określonego w motywie 20 oraz art. 2 pkt 23 i art. 6 rozporządzenia 651/2014.

Warto jednak podkreślić, że omawiane ustalenie NSA może być zarówno przedwczesne, jak i nietrafne. Ulga B+R powinna być traktowana jako instrument systemowy, dostępny szeroko i nieselektywnie, co z założenia wyłącza ją z zakresu pomocy publicznej. Komisja Europejska niejednokrotnie zaznaczała, że środki nieukierunkowane na określone sektory, regiony czy przedsiębiorstwa nie stanowią pomocy publicznej, nawet jeśli w praktyce tylko część przedsiębiorstw z nich korzysta.

Przykłady

KE zajmowała się już podobnymi przypadkami, m.in. rozważając, czy planowana we Włoszech ulga na działalność B+R jest pomocą publiczną. Uznała wówczas, że tak nie jest (decyzja KE z 11 grudnia 2007 r. w sprawie N 507/07, Dz.Urz. UE C 15 z 2008 r.). Trzeba zarazem pamiętać, że w polskiej u.p.d.o.p. przewidziano ściśle określone przypadki, w których ulga B+R będzie stanowić pomoc publiczną – może to dotyczyć podmiotów posiadających status centrum badawczo-rozwojowego oraz podatników rozpoczynających działalność. Dotychczas jednak wspomniany, zamknięty katalog podmiotów nie budził kontrowersji. Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości, podlegająca ministrowi właściwemu ds. gospodarki, również wskazywała na swojej stronie internetowej, że zasadniczo ulga nie jest traktowana jako pomoc publiczna, poza wyjątkami wskazanymi w u.p.d.o.p.

Mimo tych argumentów podatnicy powinni z wyjątkową uwagą przeanalizować możliwe skutki wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 20 sierpnia 2024 r. (II FSK 595/24). Uznanie ulgi B+R za pomoc publiczną może wiązać się z koniecznością zmiany dotychczasowych praktyk i analizą potencjalnych obowiązków notyfikacyjnych, co istotnie wpłynie na bezpieczeństwo korzystania z tej preferencji.

Beata Krzyżagórska-Żurek, adwokat, partner zarządzająca kancelarii Krzyżagórska Łoboda i Partnerzy sp.p.

Bartolomei Badełek, radca prawny, doradca podatkowy, Kancelaria Krzyżagórska Łoboda i Partnerzy sp.p.

Artykuł powstał we współpracy z siecią Kancelarie RP