Kwestie związane z konsekwencjami podatkowymi stosowania kart paliwowych na gruncie VAT budzą wątpliwości interpretacyjne. Dotyczy to przede wszystkim określenia w jakich warunkach dochodzi do transakcji łańcuchowych w zakresie dostawy paliwa pomiędzy stacją paliw, emitentem karty paliwowej a jej użytkownikiem, a w jakiej sytuacji emitent karty świadczy usługę finansowania zakupów paliwa. Jeśli bowiem transakcja będzie stanowić dostawę towarów, to kontrahenci będą uprawnieni do odliczenia podatku naliczonego z faktury dokumentującej sprzedaż paliwa, wystawionej przez emitenta karty paliwowej. Jednak w sytuacji, w której usługa pośrednika będzie stanowić de facto usługę finansową, a nie sprzedaż paliwa, kontrahenci nie będą uprawnieni do odliczenia podatku naliczonego z faktury wystawionej przez emitenta karty.