Spór w sprawie dotyczył możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych, w rozumieniu art. 18 d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, tej części należności pracowniczych, jaka obejmuje wynagrodzenie wypłacane za czas urlopu, nieobecności w pracy z powodu choroby czy też sprawowania opieki nad dzieckiem. We wniosku o interpretację spółka uważała, że ma do tego prawo. Fiskus uznał, że nie. Przypomniał, że zgodnie z art. 18 ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT za koszty kwalifikowane uznaje się należności ze wskazanych tytułów oraz sfinansowane przez płatnika składki z ich tytułu określone w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu.