Od momentu wprowadzenia w 2022 r. przepisów dotyczących opodatkowania połączeń spółek pojawiały się wątpliwości co do zgodności tych regulacji z prawem unijnym. Kontrowersje wzbudza zwłaszcza przesłanka negatywna zakładająca, że gdy udziały (akcje) wspólnika w spółce przejmowanej zostały nabyte lub objęte w wyniku innego łączenia lub podziału, to wyłączony jest przepis o neutralności podatkowej takiego połączenia (art. 24 ust. 8db pkt 1 ustawy o PIT, art. 12 ust. 4 pkt 12 lit. a ustawy o CIT). Inaczej mówiąc, ustawodawca ograniczył neutralność podatkową połączeń spółek wyłącznie do pierwszego połączenia. Każde kolejne połączenie ma być już opodatkowane.