W latach 2009–2011 w spółce wdrażano zaawansowany system komputerowy. Podatniczka zdecydowała się na jego nową wersję, bo w sposób całościowy obejmuje on procesy zachodzące w spółce (logistyka, księgowość, kadry i płace etc.).
Spółka nabyła prawo do korzystania z systemu w drodze umowy leasingu operacyjnego zawartej w 2010 r. na 36 miesięcy. Uzyskała też ekspertyzę o możliwości uznania systemu za nową technologię w rozumieniu art. 18b ust. 2 ustawy o CIT. Umowa leasingu nie zawiera postanowienia przewidującego rozliczanie odpisów amortyzacyjnych przez spółkę. Odpisy amortyzacyjne dla celów podatkowych ujmuje finansujący. Firma tłumaczyła, że system nie został wprowadzony do ewidencji podatkowej, ale rozpoznała go jako wartość niematerialną i prawną w ewidencji rachunkowej. Zapytała czy w takiej sytuacji ma prawo do skorzystania z ulgi na nowe technologie. Sama uważała, że spełnia wszystkie warunki, żeby skorzystać z takiego odliczenia.
Fiskus się z tym nie zgodził. Wskazał, że jednym z warunków do skorzystania z odliczenia jest ujęcie środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych w rejestrze prowadzonym dla celów podatkowych. Ujęcie przedmiotu leasingu w księgach rachunkowych tego warunku nie spełnia. W momencie rozpoznania wartości niematerialnej i prawnej w ewidencji rachunkowej spółka nie spełniała wszystkich przesłanek umożliwiających zastosowanie odliczenia ulgi na nabycie nowych technologii.
Spółka zaskarżyła interpretację, ale merytorycznie racji nie przyznał jej ani sąd pierwszej instancji, ani NSA.
NSA zauważył, że spółka zawarła umowę leasingu operacyjnego. W rezultacie ryzyko i korzyści związane z przedmiotem umowy pozostawały nadal po stronie finansującego. To ten podmiot mógł uwzględnić kwoty wydatków na nabycie nowej technologii we własnej podatkowej ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych. podatkowych. Jak podkreślił sąd kasacyjny, dla funkcjonowania w CIT takich pojęć jak środek trwały, wartości niematerialne i prawne, amortyzacja czy ewidencja środków trwałych zasadnicze znaczenie ma art. 16a i art. 16b ustawy o CIT, a w przypadku wartości niematerialnych i prawnych i umowy leasingu – art. 16b ust. 2 pkt 4 ustawy o CIT. Zgodnie z jego treścią te składniki majątku są wartością niematerialną i prawną podlegającą amortyzacji u podatnika, jeśli zgodnie z przepisami rozdziału 4a odpisów amortyzacyjnych dokonuje korzystający. W ocenie NSA, skoro spółka nie rozliczała odpisów amortyzacyjnych z uwagi na zawartą umowę leasingu operacyjnego, to nie miała ona podstaw ani do określenia kwoty wydatków będących wartością początkową, ani do wprowadzenia jej do ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych prowadzonej na potrzeby CIT.