Przedsiębiorcy strefowi muszą pamiętać o obowiązkach sprawozdawczych i dokumentacyjnych wynikających zarówno z przepisów strefowych, jak i ustaw podatkowych (ustawa o CIT/ustawa o PIT). Dobrym przykładem są regulacje dotyczące cen transferowych i związanej z nimi dokumentacji podatkowej. Mogą one znaleźć zastosowanie nie tylko w przypadku przeprowadzania przez przedsiębiorców strefowych transakcji z podmiotami powiązanymi, ale – co istotne - również w razie prowadzenia przez danego przedsiębiorcę zarówno działalności strefowej jak i poza strefą.