Tak orzekł Naczelny Sąd Administracyjny w wyrokach z 20 listopada 2014 r. (I FSK 1695/13; I FSK 1696/13).
Spółka akcyjna zwróciła się do organu podatkowego o wydanie dwóch interpretacji indywidualnych, dotyczących podatku od towarów i usług w zakresie opodatkowania sprzedaży niezabudowanej nieruchomości gruntowej przez kontrahenta spółki oraz prawa do odliczenia podatku naliczonego. Organ wezwał spółkę do uzupełnienia braków formalnych, gdyż wnioski nie przedstawiały wyczerpująco stanu faktycznego oraz stanowiska spółki. Pomimo wyjaśnień wnioskodawcy organ wydał postanowienia o pozostawieniu wniosków bez rozpatrzenia, ze względu na nieuzupełnienie braków formalnych. Spółka wniosła zażalenie, jednak organ podtrzymał oba postanowienia. Następnie spółka zaskarżyła postanowienia do WSA.
Sąd I instancji (wyroki WSA w Warszawie: III SA/Wa 2794/12 oraz III SA/Wa 2795/12) uchylił oba postanowienia. Wskazał, że te same osoby uczestniczyły w rozpatrzeniu wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej oraz brały udział w rozpatrzeniu zażalenia na postanowienie kończące postępowanie, w którym uczestniczyły. Odwołując się do uchwały NSA z 18 lutego 2013 r. (I GPS 2/12), WSA podniósł, że niepożądana jest sytuacja, gdy przy rozpatrywaniu sprawy, bez względu na to, czy chodzi o jej rozpoznanie w ramach dwóch instancji, czy też w ramach jednej instancji, zaangażowany w jej merytoryczne rozpoznanie jest pracownik, który brał już udział w wydaniu decyzji w poprzedniej fazie.
Organ podatkowy wniósł od tego wyroku skargę kasacyjną do NSA. Sąd II instancji podzielił stanowisko WSA. W ocenie NSA specyfika spraw, w których techniczne przygotowanie rozstrzygnięć stanowi całokształt podjętych przez organy czynności, sprawia, że osoby, które brały udział, w szerokim znaczeniu, w wydaniu postanowienia w I instancji, nie powinny uczestniczyć w postępowaniu zażaleniowym, w postępowaniu przed sądem II instancji. To przywiodło NSA do wniosku, że w sprawie doszło do naruszenia przepisów ordynacji podatkowej, tj. art. 130 § 1 pkt 6 w zw. z art. 221 i 239 o.p.
—Marek Stefan Zdziech, współpracownik zespołu zarządzania wiedzą podatkową firmy Deloitte