Zasady wystawiania duplikatu faktur określa § 20 rozporządzenia ministra finansów z 28 marca 2011 w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (DzU nr 68, poz. 360).
Jeżeli oryginał faktury ulegnie zniszczeniu lub zaginie, sprzedawca na wniosek nabywcy ponownie wystawia fakturę zgodnie z danymi zawartymi w kopii tej faktury. Wystawiona ponownie faktura musi dodatkowo zawierać wyraz „duplikat” i datę jej wystawienia.
Wystawca faktury nie może odmówić wystawienia jej duplikatu w sytuacji, w której nabywca wystąpił z takim wnioskiem.
Obowiązek wystawienia faktury potwierdzającej sprzedaż dokonaną przez podatnika VAT wynika z art. 106 ust. 1 ustawy o VAT, przy czym na podstawie art. 106 ust. 8 pkt 1 obowiązek ten dotyczy także duplikatu faktury (lub faktury korygującej), o którym mowa w § 20 wymienionego rozporządzenia w sprawie m.in. wystawiania faktur.
Dlatego, co do zasady, w razie zaginięcia lub zniszczenia faktury sprzedawca ma obowiązek wystawić jej duplikat. Przepisy podatkowe nie przyznają mu prawa ani nie nakładają obowiązku weryfikowania zasadności wniosku nabywcy o wystawienie duplikatu.
Nie dają też podstawy do wprowadzania ograniczeń w liczbie wystawianych duplikatów. Oznacza to, że sprzedawca nie może odmówić nabywcy wystawienia duplikatu faktury pierwotnej, nawet jeśli wcześniej był on wystawiany już kilkakrotnie. Odmowa wystawienia duplikatu jest zasadna tylko, gdy upłynie termin przedawnienia podatku wynikającego z faktury pierwotnej.
Sprzedawca nie może zatem uzależniać wydania duplikatu faktury od pokrycia kosztów jego wystawienia. Podatnik, który uzależnia wydanie duplikatu od uiszczenia opłaty, powinien mieć na uwadze, że odmowa wystawienia faktury jest wykroczeniem lub przestępstwem skarbowym. Tak wynika z art. 62 § 1 i 5 kodeksu karnego skarbowego.
Dopuszczalne jest jednak pobranie przez sprzedawcę opłaty np. za wysłanie pocztą duplikatu faktury, gdy nabywca nie odbiera go osobiście. Wówczas jednak jej wysokość powinna odpowiadać kosztom przesyłki pocztowej.
