Z punktu widzenia prawa do odliczenia podatku naliczonego przez otrzymującego fakturę istotny jest materialny, a nie formalny status wystawcy faktury. Jeżeli osoba taka istnieje, wykonuje czynności opodatkowane, w związku z którymi wystawia faktury, to nabywca towarów i usług od takiej osoby ma pełne prawo rozliczenia podatku.
[b]Tak orzekł NSA 25 lutego 2009 r. (I FSK 1770/07).[/b]
Izba Skarbowa w Gdańsku, uznając, że osoba niezarejestrowana na potrzeby VAT nie jest uprawniona do wystawiania faktur, pozbawiła podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego w wystawianych przez taką osobę fakturach dokumentujących zakup towarów i usług. Powołała się przy tym na treść, obowiązującego w 2006 r., art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a ustawy o VAT z 2004 r., zgodnie z którym prawo do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego nie przysługuje w przypadku, gdy sprzedaż została udokumentowana fakturami wystawionymi przez podmiot nieistniejący lub nieuprawniony do wystawiania faktur.
WSA w Gdańsku, odwołując się do prawa wspólnotowego, wskazał, że żaden z przepisów dyrektywy 2006/112/WE nie uzależnia prawa do odliczenia od wymogu formalnego, jakim jest rejestracja w charakterze podatnika VAT. Z przepisów dyrektywy nie wynika także, że niedopełnienie obowiązku rejestracji powoduje utratę statusu podatnika, co łączy się z ograniczeniem prawa do odliczenia podatku. Prawo podatnika do odliczenia zależy bowiem od stwierdzenia przez organy podatkowe, czy jego kontrahenci faktycznie wykonali czynności opodatkowane i byli podatnikami w rozumieniu art. 15 ustawy o VAT z 2004 r.
Rozpoznając skargę kasacyjną złożoną przez organ podatkowy, NSA stwierdził, że o rozliczeniu podatku naliczonego decydować powinno przede wszystkim to, kto wystawił fakturę. O tym czy wystawca faktury jest podatnikiem VAT, nie przesądza formalne wypełnienie powinności, np. wymóg zarejestrowania się na potrzeby tego podatku. Istotne jest jego obiektywne zachowanie. Jeżeli taka osoba istnieje, wykonuje czynności opodatkowane, w związku z którymi wystawia faktury, to nabywca towarów i usług od niej ma pełne prawo do rozliczenia podatku.