Duża cześć umów na realizację inwestycji budowlanych w systemie „projektuj i buduj", nakłada na wykonawców obowiązek uzyskania wynikających z przepisów: pozwoleń, zezwoleń, postanowień, orzeczeń i decyzji, niezbędnych do właściwego zaprojektowania, wybudowania oraz przekazania do użytkowania przedmiotu inwestycji. Bardzo często umowy te nakładają na wykonawców obowiązek poniesienia wszelkich wydatków z tym związanych, w tym opłat i odszkodowań wynikających z decyzji administracyjnych oraz wynagrodzeń wynikających wyroków sądowych, ustalając ryczałtowe wynagrodzenie za realizację całości inwestycji. Kwalifikacja takich wydatków jako kosztu uzyskania przychodu wykonawcy budzi liczne wątpliwości.