Tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w wyroku z 16 lipca 2014 r. (I SA/Gd 646/14).
Spółka zamierzała sprzedać prawo użytkowania wieczystego gruntu wraz z własnością posadowionego na nim budynku. Spółka wynajmowała dwie z trzech kondygnacji budynku (parter i poddasze). Trzecia kondygnacja (piwnica) nie była wynajmowana, tylko wykorzystywana na potrzeby działalności gospodarczej spółki. Kondygnacje nie były odrębnymi nieruchomościami lokalowymi. We wniosku o interpretację spółka zapytała, czy sprzedaż nieruchomości będzie objęta w całości zwolnieniem z VAT czy też w części odpowiadającej udziałowi wynajmowanej powierzchni użytkowej budynku w całkowitej powierzchni użytkowej tego budynku.
Zdaniem spółki transakcja powinna być w całości objęta zwolnieniem z VAT na mocy art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT. Spółka w latach 1998–1999 poniosła nakłady na ulepszenie nabytej w 1998 r. nieruchomości ?w wysokości przekraczającej 30 proc. jej wartości początkowej. Nieruchomość była następnie przedmiotem najmu. Jako że pierwsze zasiedlenie ulepszonej nieruchomości nastąpiło wraz z rozpoczęciem najmu w 2007 r. (po ulepszeniu nieruchomości), jej sprzedaż powinna skorzystać ze zwolnienia na mocy art. 43 ust. 1 ?pkt 10 ustawy o VAT, gdyż pomiędzy pierwszym zasiedleniem a dostawą budynku upłynął okres dwóch lat. Bez znaczenia jest to, że wynajmowane były tylko dwie z trzech kondygnacji budynku, gdyż części te nie są formalnie wydzielone i niemożliwe byłoby ustalenie podstawy opodatkowania dla każdej z nich.
Organ podatkowy stwierdził, że planowana dostawa części budynku, która była przedmiotem umowy najmu, będzie korzystać ze zwolnienia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT. Piwnica natomiast nie, ponieważ jej dostawa będzie miała miejsce w ramach pierwszego zasiedlenia. Po ulepszeniu ta część budynku nie była przedmiotem żadnej czynności opodatkowanej, w związku z czym będzie podlegać opodatkowaniu 23-proc. stawką VAT.
Sąd oddalił skargę spółki, przychylając się do stanowiska organu.
