W praktyce zdarza się, że różne jednostki organizacyjne tego samego podatnika składają kilka deklaracji podatkowych odnośnie do różnych przedmiotów opodatkowania. W takiej sytuacji organy podatkowe wydają po kilka decyzji, w których częściowo określają ciążące na podatniku zobowiązanie podatkowe.
Poza tym, niekiedy organowi wygodniej jest wydać odrębną decyzję dotyczącą tych obiektów, co do których może toczyć się spór. Na przykład przed wydaniem uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 27 lutego 2012 r. (II FPS 4/11), dotyczącej opodatkowania garaży, niektóre gminy wydawały właścicielom lokali mieszkalnych i garaży decyzje dotyczące samego mieszkania, odrębnie prowadząc postępowanie w stosunku do garażu. Niekiedy sami podatnicy składają kilka deklaracji podatkowych – odrębnie od każdego ze swoich zakładów.
W całości, nie w częściach
Zazwyczaj w orzecznictwie przyjmowano, że organ ma obowiązek określić wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości w jednej decyzji dotyczącej wszystkich obiektów stanowiących podstawę opodatkowania tym podatkiem za dany rok podatkowy (vide: wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 18 kwietnia 2005 r., III SA/Wa 1594/04, czy wyrok WSA w Bydgoszczy z 22 września 2009 r., I SA/Bd 431/09).
O ile w prawie administracyjnym zgodnie z art. 104 § 2 kodeksu postępowania administracyjnego „decyzje rozstrzygają sprawę co do istoty w całości lub w części", o tyle w prawie podatkowym art. 207 § 2 ordynacji podatkowej (dalej: op) stanowi tylko o tym, że decyzja „rozstrzyga sprawę co do jej istoty".
Potwierdzeniem braku możliwości wydania decyzji częściowych jest także art. 21 § 3 op, zgodnie z którym, jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego.