Część finansowana przez NFZ jest przelewana na konto bankowe apteki zwykle w miesiącu następującym po miesiącu dokonania faktycznej sprzedaży leków, a czasami nawet dwa miesiące później. Apteka otrzymuje zapłatę z tytułu sprzedaży leków w dwóch momentach: w momencie sprzedaży leków przez kupujących oraz w momencie otrzymania kwoty refundacji od NFZ.
Taki mechanizm sprzedaży leków refundowanych może powodować trudności w ustaleniu momentu powstania przychodów. Apteki mają często problem z rozliczeniami podatkowymi. Komplikacje nie powstają w przypadku, gdy kwota refundacji otrzymywana jest w tym samym miesiącu, w którym lek jest sprzedany klientowi. Do rozbieżności natomiast dochodzi, gdy apteka sprzedaje klientowi lek w jednym miesiącu, a refundację otrzymuje w kolejnym.
Ze względu na konieczność dokładnego wyodrębnienia kwot refundowanych i kwot zapłaconych przez kupujących niektóre apteki rezygnują z dokładnego rozliczania podatkowego kwot sprzedawanych leków. Zdarza się, że za moment uzyskania przychodu uznają datę sprzedaży leku kupującemu (bez wyodrębniania kwoty późniejszej refundacji).
Wtedy przychód z tytułu refundacji jest opodatkowany wcześniej, niż następuje rzeczywista refundacja z NFZ. Również VAT należny jest rozliczany w momencie sprzedaży leku refundowanego od całej kwoty (także refundowanej). W przypadku kontroli takie postępowanie może jednak przysporzyć aptece niemałe kłopoty.
Kiedy powstaje przychód
Z punktu widzenia podatku dochodowego przychodem apteki są faktycznie osiągnięte utargi dzienne z tytułu sprzedaży leków. Są nim także kwoty otrzymanej refundacji z NFZ. Moment uzyskania przychodu z tytułu sprzedaży leków w części zapłaconej przez kupującego nie budzi wątpliwości. Datą powstania przychodu jest w tym przypadku data sprzedaży leków. Data powstania przychodu z tytułu otrzymania refundacji nie jest już jednak taka oczywista. Może to być data sprzedaży leków zaewidencjonowana na kasie fiskalnej albo data faktycznego otrzymania kwoty refundacji z NFZ.
Za dzień uzyskania przychodu w przypadku dopłat do leków dla uprawnionych osób przyjmuje się dzień, w którym podatnik uzyskał refundację. Takie stanowisko zajął Urząd Skarbowy Warszawa-Mokotów w interpretacji z 2 czerwca 2006 r. (1433/NG/423/134/KO/2006), według którego „za dzień uzyskania przychodu w przypadku dopłat do leków uznaje się dzień, w którym uzyskano refundację”.