W praktyce zdarzają się przejściowe przeszkody formalne lub techniczne uniemożliwiające czasowe wystawianie e-faktur. Będzie tak zwłaszcza w razie awarii sprzętu lub systemu komputerowego. Rozporządzenie o e-fakturach dopuszcza w takiej sytuacji wystawianie w formie papierowej korekt (duplikatów) e-faktur. Nie mówi jednak nic o możliwości takiej (lub jej braku) w odniesieniu do „pierwotnych” faktur. Moim zdaniem w takich wypadkach należy wystawić „pierwotną” fakturę w formie papierowej. Rozporządzenie tego nie zabrania. Zakaz wystawienia w takich przypadkach „pierwotnej” faktury w formie papierowej mógłby utrudnić transakcje z danym kontrahentem. Natomiast w razie dokonania transakcji mogłoby to uniemożliwić wykonanie obowiązku wystawienia faktury (tak np. stwierdził Opolski Urząd Skarbowy w interpretacji z 11 kwietnia 2006 r., PP/443-2-1/GK/06). Uprawnienie takie można również wysnuć, stosując przez analogię przepisy o wystawianiu w razie wystąpienia przeszkód formalnych lub technicznych korekt lub duplikatów e-faktur w formie papierowej.

Dowolne (bez istotnego powodu) zastępowanie „pierwotnych” e-faktur fakturami w formie papierowej może jednak wzbudzić zastrzeżenia władz skarbowych. W żadnym razie nie można tej samej czynności udokumentować tradycyjną fakturą i e-fakturą. Dojdzie wtedy do dwukrotnego zafakturowania tej samej sprzedaży. W takiej sytuacji władze skarbowe mogą żądać uregulowania podatku z obu faktur, a jednocześnie kwestionować u nabywcy prawo do odliczenia podatku naliczonego z obu lub jednej faktury.

Gdyby przeszkody techniczne leżały po stronie nabywcy i zawiadomiłby on sprzedawcę, aby czasowo nie wystawiał e-faktur, to takie zawiadomienie może być uznane za cofnięcie akceptacji na otrzymywanie e-faktur. W takim wypadku wskazane byłoby uzyskanie, po ustaniu przeszkód, ponownej akceptacji nabywcy na otrzymywanie e-faktur lub zapewnienie, we właściwej formie, że udzielona akceptacja dalej obowiązuje, a tylko czasowo, z przyczyn technicznych, skierowana była prośba o wystawianie faktur w tradycyjnej postaci.