Ich celem jest ochrona różnych wartości środowiska biologicznego, których zachowanie jest ważniejsze od rozwoju gospodarczego na danym terenie. Co do zasady, przedsiębiorca nie ma prawa podejmować działań, które mogą osobno, lub w połączeniu z innymi czynnościami, negatywnie oddziaływać na ochronę obszaru Natura 2000. Rozumie się przez to zakaz podejmowania działań, które mogą wpłynąć na pogorszenie stanu chronionych siedlisk przyrodniczych lub siedlisk gatunków roślin i zwierząt, na chronione na tym obszarze gatunki czy też integralność obszaru Natura 2000 lub jego powiązania z innymi terenami. Przede wszystkim chodzi więc o zamierzenia budowlane, które w sposób trwały wpływają na przyrodę.